16

我是如何学习WGCNA分析

首先声明,我不会WGCNA分析,只是大概知道它会对大量样本(>8或者15)的表达矩阵进行统计学分析,然后把表达矩阵的基因找到一下基因集合,有一些基因集合大概是非常有意义的!

因为有朋友一直好奇,我是如何学习新的知识的,所以就趁这个机会,录制了3个视频,只是我的一个学习过程而已。感兴趣可以去链接:http://pan.baidu.com/s/1jIgBTzw 密码:yh42下载,但是最后一个视频录制过程中被打断了,所以我只好重新写了个文字版的,来补充解释一下。(如果你看视频,请先看那个必看!)

1

学习一个新的概念,新的分析方法,我首先是谷歌了一下这个关键词,找到两个非常赞的链接!

英文的那个,让我明白了WGCNA的步骤:

就是拿到表达矩阵,根据MAD来挑选top5000个基因的表达矩阵,然后用WGCNA的包构建共表达网络,检测每一个module是什么,有什么特性。接着把这些module跟个体结合起来。

Continue reading