十一 23

java环境变量的问题

有篇文章提到了cytoscape,想着一直没用过这个神器对不起我生信大神的称号呀,就下载了准备安装,居然报错了,简直不可思议,因为一直以为它是java软件,一般不需要安装,结果是exe的,只是依赖于java,报错是EXE4J_JAVA_HOME, No JVM could be found on your system,这是个很常见的错误,我 简单搜索了解决方案https://wincrunch.com/exe4j-java-home-no-jvm-could-be-found-on-your-system/ 居然无效,但是里面有句话引起了我的注意,通常64位的window电脑的java是安装在Program Files 而不是Program Files (x86),这才是问题所在,我当初图简单,直接用了JDK来安装JRE,所以导致软件安装目录错误。有非常多的生物信息学软件都依赖与java,比如IGV,GSEA,cytoscape,一般来说window电脑安装好了java之后这些软件都挺好用的。那么关于java问题,我整理了3个:

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perl程序技巧-检验系统环境或模块安装

这个程序是我在VirusFinder里面发现的,大家可以自行搜索它!

非常好用,建议大家写程序都可以加上这个!

print "\nChecking Java version...\n\n";
my $ret = `java -version 2>&1`;
print "$ret\n";
if (index($ret, '1.6') == -1) {
    printf "Warning: The tool Trinity of the Broad Institute may require Java 1.6.\n\n";
}
print "\nChecking SAMtools...\n\n";
$ret = `which samtools 2>&1`;
if (index($ret, 'no samtools') == -1) {
    printf "%-30s\tOK\n\n", 'SAMtools';
}else{
    printf "%-30s\tnot found\n\n", 'SAMtools';
}
my @required_modules = ("Bio::DB::Sam",
                        "Bio::DB::Sam::Constants",
                        "Bio::SeqIO",
                        "Bio::SearchIO",
                        "Carp",
                        "Config::General",
                        "Cwd",
                        "Data::Dumper",
                        "English",
                        "File::Basename",
                        "File::Copy",
                        "File::Path",
                        "File::Spec",
                        "File::Temp",
                        "FindBin",
                        "Getopt::Std",
                        "Getopt::Long",
                        "IO::Handle",
                        "List::MoreUtils",
                        "Pod::Usage",
                        "threads");
print "\nChecking CPAN modules required by VirusFinder...\n\n";
my $count = 0;
for my $module (@required_modules){
eval("use $module");
if ($@) {
printf "%-30s\tFailed\n", $module;
                $count++;
}
else {
printf "%-30s\tOK\n",     $module;
}
}
if ($count==1){
print "\n\nOne module may not be installed properly.\n\n";
}elsif ($count > 1){
print "\n\n$count modules may not be installed properly.\n\n";
}else{
print "\n\nAll CPAN modules checked!\n\n";
}

 

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ubuntu服务器解决方案第六讲-添加环境变量

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

在我的第一讲里面,对JAVA的安装,其实就需要添加环境变量,大家可以回头看看!

添加PATH环境变量,第1种方法:

[root@lx_web_s1 ~]# export PATH=/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH

再次查看:

[root@lx_web_s1 ~]# echo $PATH

/usr/local/webserver/mysql/bin:/usr/local/webserver/mysql/bin/:/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

说明添加PATH成功。

上述方法的PATH 在终端关闭 后就会消失。所以还是建议通过编辑/etc/profile来改PATH,也可以修改家目录下的.bashrc(即:~/.bashrc)。

第2种方法:需要管理员权限。

# vim /etc/profile

在最后,添加:

export PATH="/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH"

保存,退出,然后运行:

#source /etc/profile,不报错则成功。