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十一 23

java环境变量的问题

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有篇文章提到了cytoscape，想着一直没用过这个神器对不起我生信大神的称号呀，就下载了准备安装，居然报错了，简直不可思议，因为一直以为它是java软件，一般不需要安装，结果是exe的，只是依赖于java，报错是EXE4J_JAVA_HOME, No JVM could be found on your system，这是个很常见的错误，我 简单搜索了解决方案https://wincrunch.com/exe4j-java-home-no-jvm-could-be-found-on-your-system/ 居然无效，但是里面有句话引起了我的注意，通常64位的window电脑的java是安装在Program Files 而不是Program Files (x86)，这才是问题所在，我当初图简单，直接用了JDK来安装JRE，所以导致软件安装目录错误。有非常多的生物信息学软件都依赖与java，比如IGV,GSEA,cytoscape，一般来说window电脑安装好了java之后这些软件都挺好用的。那么关于java问题，我整理了3个：

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四 01

ubuntu服务器解决方案第一讲-java安装

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ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。

1、JDK官网上http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html选择：

但是，如果你的服务器是64位的，请不要选择i586，选择你自己的机器对应的！

2、将打开终端，建立目录：

Sudo mkdir /usr/lib/java

3、将下载的 jdk-7u3-linux-i586.tar.gz移到这个文件夹下面并进行解压，改名字：

sudo mv jdk-7u3-linux-i586.tar.gz /usr/lib/java

sudo tar –xvf jdk-7u3-linux-i586.tar.gz

mv jdk1.7.0_03java-7-sun

4、修改环境变量：

在终端输入：vim /etc/profile

然后添加以下代码：

export JAVA_HOME=/usr/lib/java/jdk1.8.0_25

export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre

export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib

export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH

保存之后，再运行下面命令更新电脑的配置文件

source /etc/profile  这个千万要记得！！！！

5、在终端中输入 java –version，显示：

jeydragon@jeydragon-VirtualBox:~$ java -version

java version "1.7.0_03"

Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_03-b04)

Java HotSpot(TM) Client VM (build 22.1-b02, mixed mode)

表示安装成功