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linux服务器管理–防火墙设置命令iptables

如果我们想新开一个端口给别人访问,我们就需要设置防火墙,比如我想开3838端口给shiny程序使用,下面我重点讲解这个实例,其余开放端口,关闭端口大家继续学习就好。
如果你使用的是ssh远程,而又不能直接操作本机,那么建议你慎重,慎重,再慎重!(一旦你把22端口给搞死了,你就无法登陆你的服务器了!!!)
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linux服务器管理–系统服务设置命令systemctl

因为买过一个超算云服务器,所以前面我讲过Ubuntu服务器管理系列知识,正好最近要搞了个阿里云,用来做shiny服务器,发现服务器管理居然进化了好多,以前的知识都过时了,再记录一笔吧,真的是学习如逆水行舟,不进则退呀!

我的阿里云服务器版本是CentOS 6.5.,属于(RedHat 7, Ubuntu 15.04+, SLES 12+)  系列,是目前最新版本的服务器管理,所以大家重点是记住这个systemctl 即可:

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ubuntu服务器解决方案第十讲–虚拟机屏幕及联网设置

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

很多人可能并没有自己的服务器,那么就只能通过虚拟机来试试ubuntu啦

我想起来我以前玩虚拟机的时候遇到过一些困难,记录了一些,分享给大家, Continue reading

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ubuntu服务器解决方案第八讲–网络服务器配置lamp

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

主流的网络服务器配置就是linux+apache+mysql+php咯,简称LAMP

在ubuntu系统里面安装这个是非常easy的

sudo apt-get install apache2 mysql-server mysql-client php5 php5-gd php5-mysql Continue reading

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ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块

此教程可能过期了,请直接看最新版(perl模块安装大全)

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

前面我简单写了一个perl的cpan安装模块,但是前些天突然发现有些perl模块在cpan里面找不到,所以又总结了一下不同的perl模块安装方法。 Continue reading

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ubuntu服务器解决方案第六讲-添加环境变量

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

在我的第一讲里面,对JAVA的安装,其实就需要添加环境变量,大家可以回头看看!

添加PATH环境变量,第1种方法:

[root@lx_web_s1 ~]# export PATH=/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH

再次查看:

[root@lx_web_s1 ~]# echo $PATH

/usr/local/webserver/mysql/bin:/usr/local/webserver/mysql/bin/:/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

说明添加PATH成功。

上述方法的PATH 在终端关闭 后就会消失。所以还是建议通过编辑/etc/profile来改PATH,也可以修改家目录下的.bashrc(即:~/.bashrc)。

第2种方法:需要管理员权限。

# vim /etc/profile

在最后,添加:

export PATH="/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH"

保存,退出,然后运行:

#source /etc/profile,不报错则成功。

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ubuntu服务器解决方案第五讲-配置ssh供远程登录

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

同样,这个ssh也非常简单

sudo apt-get install openssh-server

SSH分客户端openssh-client和openssh-server

如果你只是想登陆别的机器的SSH只需要安装openssh-client(ubuntu有默认安装,如果没有则sudo

apt-get install openssh-client),如果要使本机开放SSH服务就需要安装openssh-server

sudo apt-get install openssh-server

然后确认sshserver是否启动了:

ps -e |grep ssh

如果看到sshd那说明ssh-server已经启动了。

如果没有则可以这样启动:sudo /etc/init.d/ssh start 或者 service ssh start

ssh-server配置文件位于/etc/ssh/sshd_config,在这里可以定义SSH的服务端口,默认端口是22,你可以自己定义成其他端口号,如222。

然后重启SSH服务:

sudo

/etc/init.d/ssh stop

sudo /etc/init.d/ssh start

然后使用以下方式登陆SSH:

ssh username@192.168.1.112 username为192.168.1.112 机器上的用户,需要输入密码。

我给七八个虚拟机都配置成功了,但是呢,偏偏别人的一个我始终不能解决,感觉linux里面的学问还是蛮多的

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ubuntu服务器解决方案第四讲-输入法-中文

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

这个主要是针对有界面的服务器来说的,不是我们通常意义的ssh登陆,一般ssh登陆的可以把中文复制张贴进去即可。

Ubuntu上的输入法主要有小小输入平台(支持拼音/二笔/五笔等),Fcitx,Ibus,Scim等。其中Scim和Ibus是输入法框架。

在Ubuntu的中文系统中自带了中文输入法,通过Ctrl+Space可切换中英文输入法。这里我们主要说下Ubuntu英文系统中,中文输入法的安装。

安装输入法的第一步,是安装语言包。我们选择System Settings-->Language Support-->Install/Remove Languages,这里面可以选择简体中文

输入密码后,系统会安装简体中文语言包。

第二步,安装完毕后切换到终端,安装IBus框架,在终端输入以下命令:

sudo apt-get install ibus ibus-clutter ibus-gtk ibus-gtk3 ibus-qt4

启动IBus框架,在终端输入:

im-switch -s ibus

安装完IBus框架后注销系统,保证更改立即生效。

第三步:安装拼音引擎

有下面几种常用选择:

IBus拼音:sudo apt-get install ibus-pinyin

IBUS五笔:sudo apt-get install ibus-table-wubi

谷歌拼音输入法:sudo apt-get install ibus-googlepinyin

Sun拼音输入法:sudo apt-get install ibus-sunpinyin

第四步:设置IBus框架

终端输入ibus-setup 此时,IBus Preference设置被打开。我们在Input Method选项卡中,选择自己喜欢的输入方式,并配置自己喜欢的快捷键即可。

第五步:通常情况下,IBus图标(一个小键盘)会出现在桌面右上角的任务栏中。有时候这个图标会自行消失,可使用以下命令,找回消失的IBus图标:

ibus-daemon –drx

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ubuntu服务器解决方案第三讲-perl最新版的安装

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

理论上perl是不需要更新,但是我就不巧碰到了这个情况,所以也记录一下

linux下升级系统默认安装的perl版本,不建议先rm

先下载tar.gz ...然後手动安装..default 安装到/usr/local/目录下..

然後修改/usr/bin/perl的symbolic link到/usr/local/bin/perl

下载方式不用说了吧,各显神通,笔者习惯用wget.

所以wget[url]http://www.cpan.org/src/perl-5.10.0.tar.gz[/url] .现在最新是5.20

下载完以后解压安装

#tar zxvf perl-5.10.0.tar.gz

#cd perl-5.10.0

#./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perl

参数-Dprefix指定安装目录为/usr/local/perl

#make

#make test

#make install

如果这个过程没有错误的话,那么恭喜你安装完成了.是不是很简单?

接下来替换系统原有的perl,有最新的了咱就用嘛.

#mv /usr/bin/perl/ usr/bin/perl.bak

#ln -s /usr/local/perl/bin/perl/ usr/bin/perl

#perl –v

然后就可以了用它来安装一些其它你需要的perl模块了

#perl -MCPAN-e shell

第一次执行的话,会提示安装cpan并要求连接网络下载最新的模块列表.然后就可以安装东西了

cpan[1]> install DBI

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ubuntu服务器解决方案第二讲-R程序包最新版的安装

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。
首先,如果你的服务器里面有旧的R,那么删除Linux Ubuntu系统中原有的R软件包,代码如下:
sudo apt-get autoremove r-base-core # 删除系统中原有的R软件包
接下来,随便找到一个Ubuntu的软件源镜像
(http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu/ )
因为看我教程的大部分在国内,所以我拿北京大学举例子。
 当然,厦门大学也很赞,http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/xenial/  不过,版本代号一定药搞清楚哦。
Linux Ubuntu 12.04对应的名字是 precise,
ubuntu14.04,那么就应该是 trusty
ubuntu15.04 ,其代号为 vivid
Ubuntu 16.04 LTS,代号为Xenial Xerus(非洲的一种地松鼠),于UTC时间2016年4月21日正式发布。
比如我的Ubuntu 12.04就需要进入到 precise/目录,找到r-base-core相关的文件,发现有多个R的版本。
把这个软件源,增加到apt的sources.list文件中,代码如下:
deb http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu precise/
其余的ubuntu版本类似即可:
在/etc/apt/sources.list文件最下面,新加一行
~ sudo apt-get update # 更新源
~ sudo apt-get install r-base-core # 再次安装R语言软件包
~ R –version # 检查R的版本
这时我们就安装了最新的R语言版本—3.0.3版。
require(ggplot2)
Loading required package: ggplot2
Failed with error: ‘package ‘ggplot2’ was built before R 3.0.0: please re-install it’
这个失败原因是怎么回事?R 3.0.0 的问题吗?怎么解决?
R 2.x 升级 3.x 需要重新(编译)安装所有包:
update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)
当然如果你不是在R里面用install.package来安装包的话
你还需要
sudo apt-get install r-base-dev
这样你才能从源代码编译R的包
但是如果你导入的R源被你的服务器拒绝,你就惨了
The following signatures couldn't be verified because the public key is not
以下签名不能因为公钥未验证
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ubuntu服务器解决方案第一讲-java安装

ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

1、JDK官网上http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html选择:

但是,如果你的服务器是64位的,请不要选择i586,选择你自己的机器对应的!

2、将打开终端,建立目录:

Sudo mkdir /usr/lib/java

3、将下载的 jdk-7u3-linux-i586.tar.gz移到这个文件夹下面并进行解压,改名字:

sudo mv jdk-7u3-linux-i586.tar.gz /usr/lib/java

sudo tar –xvf jdk-7u3-linux-i586.tar.gz

mv jdk1.7.0_03java-7-sun

4、修改环境变量:

在终端输入:vim /etc/profile

然后添加以下代码:

export JAVA_HOME=/usr/lib/java/jdk1.8.0_25

export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre

export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib

export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH

保存之后,再运行下面命令更新电脑的配置文件

source /etc/profile  这个千万要记得!!!!

5、在终端中输入 java –version,显示:

jeydragon@jeydragon-VirtualBox:~$ java -version

java version "1.7.0_03"

Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_03-b04)

Java HotSpot(TM) Client VM (build 22.1-b02, mixed mode)

表示安装成功

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云服务器试用报告

刚买了一个空的云服务器,所以就试用体验了一下!

一.硬盘容量,系统盘很小,就30个G,但是有一个1T的空盘,自己格式化安装并挂载即可。

云服务器试用报告53

 

二.内存状况,11G

云服务器试用报告67

三。Cup数量,12核

 

云服务器试用报告79

四.磁盘文件状况

云服务器试用报告90

 

五.开通其它账号

adduser

六.服务器其它信息

云服务器试用报告119

 

七.测试下载速度

云服务器试用报告130

 

八.磁盘分区管理

 

首先看到的是32.2GB的系统盘,是标示符是xvda盘,被分成了三个区

云服务器试用报告141

然后是一个1T的硬盘,需要分区然后挂载

云服务器试用报告199

我分区后,分割成两个盘,一个给各个用户,还有一个放公共数据

apt-get install nfs-common

mkfs -t ext4 /dev/xvdd

mkfs.ext4 /dev/xvdd1

mount -t ext4 /dev/xvdd1 /home/

mount -t ext4 /dev/xvdd2  /data

云服务器试用报告366

 

九.脚本环境

This is perl 5, version 18, subversion 2 (v5.18.2)

/usr/lib/python2.7/site.pyc matches /usr/lib/python2.7/site.py

十.库文件状况

apt-get install unzip

apt-get install make

apt-get install gcc

十一.软件安装状况

云服务器试用报告570

 

常用生物信息学软件都可以自己安装,并且可以使用。