ubuntu服务器解决方案第二讲-R程序包最新版的安装

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。
首先,如果你的服务器里面有旧的R,那么删除Linux Ubuntu系统中原有的R软件包,代码如下:
sudo apt-get autoremove r-base-core # 删除系统中原有的R软件包
接下来,随便找到一个Ubuntu的软件源镜像
(http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu/ )
因为看我教程的大部分在国内,所以我拿北京大学举例子。
 当然,厦门大学也很赞,http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/xenial/  不过,版本代号一定药搞清楚哦。
PS(2017/12/20, 没想到随便找到来一个,就挂掉了,唉:

厦门大学不再提供R语言镜像

)

Linux Ubuntu 12.04对应的名字是 precise,
ubuntu14.04,那么就应该是 trusty
ubuntu15.04 ,其代号为 vivid
Ubuntu 16.04 LTS,代号为Xenial Xerus(非洲的一种地松鼠),于UTC时间2016年4月21日正式发布。
比如我的Ubuntu 12.04就需要进入到 precise/目录,找到r-base-core相关的文件,发现有多个R的版本。
把这个软件源,增加到apt的sources.list文件中,代码如下:
deb http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu precise/
其余的ubuntu版本类似即可:
在/etc/apt/sources.list文件最下面,新加一行
~ sudo apt-get update # 更新源
~ sudo apt-get install r-base-core # 再次安装R语言软件包
~ R –version # 检查R的版本
这时我们就安装了最新的R语言版本—3.0.3版。
require(ggplot2)
Loading required package: ggplot2
Failed with error: ‘package ‘ggplot2’ was built before R 3.0.0: please re-install it’
这个失败原因是怎么回事?R 3.0.0 的问题吗?怎么解决?
R 2.x 升级 3.x 需要重新(编译)安装所有包:
update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)
当然如果你不是在R里面用install.package来安装包的话
你还需要
sudo apt-get install r-base-dev
这样你才能从源代码编译R的包
但是如果你导入的R源被你的服务器拒绝,你就惨了
The following signatures couldn't be verified because the public key is not
以下签名不能因为公钥未验证

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