每个病人 5个以上的样品，每个样品是 SMART-SEQ2测序，约100个细胞左右。

第一个分析，CNV

搜索一下对SMART-SEQ2测序数据做CNV分析，绘制如下CNV全景图。 Continue reading →

距离上一次我们生信技能树公开征稿已经过去一年半啦，见：生信技能树征稿启事 ，那个时候还在庆贺公众号粉丝数突破两万人大关，因为入场晚，所以那个时候还需要参加同领域各种排名。现在不一样了，技能树是众所周知的生物信息学领域第一，当之无愧的流量当担！ Continue reading →

关于如何提问，如何高效沟通，其实我们讲解非常多了，比如我一直推崇的邮件交流：如果你希望我回答你的问题 ，然后也会随机抽取粉丝提问进行解答：答读者问第一弹:R里面差异分析的limma包用法细节 。 也高度赞扬郭一些提问交流的模式，比如：求助：Zotero中添加Markdown插件失败 Continue reading →

关于R语言本身的升级与降级我们多次写教程阐述了，其实在Windows和MAC都是可以多个R版本共存的，Linux那就更不用说了，一切皆文件，想存放多少就可以多少。它们只不过是把谁放在环境变量罢了的问题，优先使用哪个的问题。 Continue reading →

昨天写了，以为大家都可以很轻松做到，发现其实只是自己随心所欲罢了，第一因为自己的Mac电脑，其次因为自己看得懂R的提示，说缺依赖包，所以需要手动安装一些依赖包。
如果是Windows用户，会有一个make缺失这样的错误，如下： Continue reading →

我列过一个生物信息学入门200篇NGS文献解读计划，其中一个文献是发表于2018的NC，标题是：Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq 对6个TNBC病人总共测了 超过1500个单细胞 ，质控后还剩下1189个单细胞进入下游分析。使用的是FACS加上Smart-seq2 ，非常中规中矩的分析，所以就发了同样中规中矩的NC。 Continue reading →

最近根据基因表达量对病人进行分组后，使用KM生存分析的logRNAK法来检查两个组的病人的生存差异，得到了如下的图： Continue reading →

表达芯片数据处理教程，早在2016年我就系统性整理了发布在生信菜鸟团博客：http://www.bio-info-trainee.com/2087.html 配套教学视频在B站：https://www.bilibili.com/video/av26731585/ 代码都在：https://github.com/jmzeng1314/GEO 早期目录如下： Continue reading →

大家都知道，我GitHub的各个项目代码基本上都是待发表的文章，比如我3年前的WGCNA的教程， 有人拿去发文章了 , 是不是很有趣，https://github.com/jmzeng1314/my_WGCNA

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31382519
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6639467/ Continue reading →

做乳腺癌研究的都是知道PAM50分型，以及TNBC内部继续各种算法分子亚型划分的，最近看到CRC的研究，分型就简单很多，最出名的应该是下面这个： Continue reading →

也许时间是一切问题的答案。
《自然》杂志2014年10月评出的最重要的100篇论文，引用率最高的三篇统计学论文分别是： Continue reading →

TCGA教程足够多了，有学员不理解TCGA样本编号问题，所以一个简单的比喻来阐述一下。

准考证号

这个大家从小就接触过，这里以四六级准考证号码解析为例，四六级准考证号一共由15位组成（如下图） Continue reading →

大家自己的课题如果聚焦到了某些基因，通常是想看看它们是否是肿瘤相关基因，比如肿瘤驱动基因，抑癌基因等等，这里主要是： oncoKB和CCG的list
OncoKB Cancer Gene List OncoKB Cancer Gene List Cancer Gene List. 1039 genes Continue reading →

中山大学幸福的烦恼 Continue reading →

最近整理我GitHub代码，发现了之前一个批量生存分析代码是有问题的，因为不同基因表达量分组后，没有道理所有基因出图的P值不变，更诡异的是，lapply内部变量不识别，一定要外部变量。

为了给大家讲清楚这个故事，我创造了测试数据和代码，你们可以打开电脑的R语言开始表演啦！ Continue reading →

在做表达矩阵的counts值作为RPKM的时候发现的这个知识点细节问题， 因为矩阵需要每一个样本除以它各自的文库大小，然后呢，每个基因又需要除以各自的基因长度。

所以呢，我们的表达矩阵，其实是需要除以两个长度不一的向量，而且方向不一样，一个是按照行来除以，一个是按照列来除以，我最后写的代码是： Continue reading →

今天单细胞授课现场差点翻车，最后做完几个基因集的批量超几何分布检验，想现场解释一波这个富集分析结果的一些数字，如下：
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给学徒布置任务，根据我的教程使用salmon流程走一波airway这个转录组数据集，很快就出了结果，为了检查他数据处理的结果准确性，就把我两年前跑的结果给到他，然后让比较一下两个表达矩阵的相关性，结果出乎我意料！ Continue reading →

免疫检查点抑制剂是现在临床和科研热点，其中免疫检查点基因通过双信号机制调控肿瘤微环境中最主要的免疫细胞，T淋巴细胞的免疫应答活性而发挥作用。这些分子主要分为两类：

• 一类是免疫球蛋白（immune globulin, Ig）超家族
• 另一类是肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor，TNF）配体/受体对。 Continue reading →

在教师节收到学生的提问，刷我B站74小时视频的时候看到我演示了RNA-seq差异分析只用了一行代码就完成了3大R包的全部分析，并且输出了对应的图表结果，觉得很神奇，但是B站视频并没有配套讲义和代码还有测试数据。 Continue reading →