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用phyML对多重比对phy文件来构建进化树

本来还没这么快写进化专题的,但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件,看看能否生成树,我就试用了一下phyml这个软件,挺简单的。

一、下载并安装该软件

这是一个很简单的软件,我们直接下载它的二进制程序就可以直接使用啦,官网里面的压缩包里面有各种平台的二进制程序,我这里用linux64的。

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip

unzip PhyML-3.1.zip

构建进化树phyml241

二.准备文件

它需要的phy格式的多重比对结果文件,一般是clustalW或者muscle比对的结果

构建进化树phyml294

可以看到是53个蛋白,多重比对后的公共序列长度是325个氨基酸。

三.命令

./PhyML-3.1_linux64   -i test.phy  -d aa   -b 1000   -m LG   -f m -v e -a e -o tlr

这些参数在运行的时候都会显示出来

构建进化树phyml434

具体解释见博客 http://www.chenlianfu.com/?p=2221

 

四,输出文件

这个时间会很久,大家有心里准备!!!总共会输出四个文件,

test.phy_phyml_tree.txt        :    最大似然法构建的进化树

test.phy_phyml_boot_stats.txt  :    bootstrap 的统计信息

test.phy_phyml_boot_trees.txt  :    bootstrap 树

test.phy_phyml_stats.txt       :    程序运行的中的参数和结果统计

 

然后我们的那个test.phy_phyml_tree.txt  就可以用figtree等软件画图啦!!!

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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一步一步运行软件系列合集

这些是很久以前写的一些教程,是关于进化树构建和全基因组关联分析的!

gwas-plink分析教程.pdf
plink的统计基础.ppt
一步一步构建系统进化树.pdf
一步一步运行blast.pdf
一步一步运行inparanoid蛋白聚类.pdf
一步一步运行PLINK-part1.pdf
一步一步运行plink-part2.pdf
用PhyML构建系统发育树.pptx
进化树的构建分子原理.pdf

都在云盘(http://pan.baidu.com/s/1jIvwRD8 )里面,群空间(201161227)里面也有!

暂时应该不会写这些教程了,因为没有项目,实在没有动力去做那么多事情