org.Xx.eg.db系列包概述

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在bioconductor的官网里面可以查到共有111个系列包，基本上跨越了我们常见的物种啦！

org.Xx.eg.db系列包介绍65

斑马鱼：Bioconductor - org.Dr.eg.db - /packages/release/data/annotation/html/org.Dr.eg.db.html

Details biocViews AnnotationData , Danio_rerio , OrgDb Version 3

拟南芥：Bioconductor - org.At.tair.db - /packages/release/data/annotation/html/org.At.tair.db.html

Details biocViews AnnotationData , Arabidopsis_thaliana , OrgDb Version 3

小鼠：Bioconductor - org.Mm.eg.db - /packages/release/data/annotation/html/org.Mm.eg.db.html

Details biocViews AnnotationData , Mus_musculus , OrgDb , mouseLLMappings Version 3

人类：Bioconductor - org.Hs.eg.db - /packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html

Details biocViews AnnotationData , Homo_sapiens , OrgDb , humanLLMappings Version 3

对这些系列包的函数都一样，包括以下几个：

columns(x)  keytypes(x)  keys(x, keytype, ...)  select(x, keys, columns, keytype, ...)  saveDb(x, file)  loadDb(file, dbType, dbPackage, ...)

 

 

这些包就是bioconductor已经做好的数据库，我们可以根据定义好的ID号来进行任意的基因转换，现在支持的信息有一下几种！

keytypes(org.Hs.eg.db)

[1] "ENTREZID"     "PFAM"         "IPI"          "PROSITE"      "ACCNUM"       "ALIAS"        "CHR"

[8] "CHRLOC"       "CHRLOCEND"    "ENZYME"       "MAP"          "PATH"         "PMID"         "REFSEQ"

[15] "SYMBOL"       "UNIGENE"      "ENSEMBL"      "ENSEMBLPROT"  "ENSEMBLTRANS" "GENENAME"     "UNIPROT"

[22] "GO"           "EVIDENCE"     "ONTOLOGY"     "GOALL"        "EVIDENCEALL"  "ONTOLOGYALL"  "OMIM"

[29] "UCSCKG"

这些包的确非常有用，大家可以看我博客里面关于它们的介绍！！！

 

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