主页：http://www.bioconductor.org/

文字介绍我懒得写了，具体大家参考

http://www.bioconductor.org/about/

http://blog.csdn.net/shmilyringpull/article/details/8542607

这是一个R语言进行生信分析的流程发布平台，每个包都解决生信的一个流程问题。到目前为止2015年5月5日10:57:29已经有了1024个包，所以大家可以看到生信分析是一个海量的任务了。每一个包都有着详尽的说明文档及脚本代码，还附带着数据，非常容易弄懂，接下来我会花一个月的时间好好学习这些包！

这1024个虽然还是R语言的包，但是它的安装方式与常规的R语言包已经有所区别了。

需要用一下代码来安装

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite()

biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

也是非常easy的。

现在这个平台上面有1024个包，241个实验数据，917个数据库文件！！！

We are pleased to announce Bioconductor 3.1,

consisting of 1024 software packages,

241 experiment data packages,

and 917 up-to-date annotation packages.

在MOOC上面有很多关于这个的公开课

http://bioconductor.org/help/course-materials/

 

这里面有很多生信方向的分析流程，包括了我之前提到了snp-calling，RNA-seq，CHIP-seq等等，当然最主要的还是芯片数据的处理。

Workflows »

Common Bioconductor workflows include:

• Oligonucleotide Arrays
• High-throughput Sequencing
• Counting Reads for Differential Expression(parathyroideSE vignette)
• Annotation
• Annotating Variants
• Annotating Ranges
• Flow Cytometryand other assays
• Candidate Binding Sites for Known Transcription Factors
• Cloud-enabled cis-eQTL search and annotation
• RNA-Seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression
• Changing genomic coordinate systems with rtracklayer::liftOver
• Mass spectrometry and proteomics data analysis

这些流程基本上涉及到了现在生物信息学的主流方向，所以基本上掌握了这些包，就是一个合格的生物信息学人才啦！

更重要的是它有着917个数据库文件，里面的信息分门别类，几乎可以算作是生物信息学的百科全书啦！

主要的数据库包括以下。

 

Package	Description
AnnotationHub	Ensembl, Encode, dbSNP, UCSC data objects
biomaRt	Ensembl and other annotations
PSICQUIC	Protein interactions
uniprot.ws	Protein annotations
KEGGREST	KEGG pathways
SRAdb	Sequencing experiments.
rtracklayer	genome tracks.
GEOquery	Array and other data
ArrayExpress	Array and other data