多个病人的10x数据整合

现在10x已经是单细胞转录组领域商业首选,单个样本的结果很难满足大家的胃口,所以一次性做多个样本就成为了主流,让我们来看看多个样本数据如何整合吧。
比如发表在 Nat Med. 2018 Aug; 题目是:Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment. 共选取5例病人的共19个样本,通过10×genomics单细胞转录组测序探索基质细胞的亚群分类、基因功能(信号通路)、关键marker基因和临床预后。
这里首选seurat的v3.0版本使用方法;https://satijalab.org/seurat/v3.0/merge_vignette.html
如果是2.4版本,稍微有点区别:https://satijalab.org/seurat/v2.4/merge_vignette.html

文章方法描述

多种聚类方法整合

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