转录组
基因组
今天我们讲述的是论坛组学大全版块的转录组和基因组。这两个组学，在论坛都有很大不错的内容。比如转录组，今年暑假我们就开展了转录组入门学习活动，有很多人参与，有些朋友还在论坛留下了宝贵的笔记。这些笔记记录了每个参与者的成长过程，作为一个参与者和见证者，我非常感谢和怀念那段时光。关于基因组方面，jimmy大神有个“直播我的基因组”，非常不错。更多详情请看下文吧。
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（2017.12.15）
转录组
版块简介
入门学习
RNA-seq基础入门传送门
自转录组入门学习活动开始以来，论坛收到了很多优秀的笔记，比如论坛ID为anlan、laofuzi、yohahah、hoptop、jojoy123、rumbleD、mt831、zckoo007、青山屋主、一只聋了的青蛙、今天的贫民窟、Panda姐等人。小编从众多优秀笔记中，选择Panda姐的给大家作为参考，因为写的笔记很全面，资料也很丰富，有视频，有讲解，推荐一下。其他人的笔记也可以在我们的论坛检索到，如果你正在按上诉入门指南进行学习转录组，其他人的笔记也值得看看哦。最后希望此刻正在看本文的你快速入门转录组。:)
【读文献】RNA-seq数据分析指南
【PANDA姐的归档】转录组学习笔记
【视频】PANDA姐转录组基础入门知识
【课程预告】手把手教你入门生信——The Biostar Handbook
小白生信学习记（一）转录组基本知识及简单的linux命令
小白生信学习记（二）：服务器及其使用介绍
小白生信学习记（三）转录组分析流程
小白生信学习记（四）：Linux系统下，RNAseq分析软件的安装
DEXSeq使用说明（1/3）
DEXSeq使用说明（2/3）
DEXSeq使用说明（3/3）
IRanges说明（1/3）
IRanges说明（2/3）
IRanges说明（3/3）
关键词：RNA-Seq
1.菜鸟入门(一)：RNAseq测序基础简介
2.RNA-seq数据差异表达分析方法的比较
3.RNAseq数据挖掘
4.RNA-Seq analysis for differential expression
5.RNA-seq测序数据的前6bp碱基的GC含量不稳定问题
6.七个RNAseq高级分析技术
7.选择不同的基因注释系统对RNA-seq数据分析的结果影响
8.计算机模拟测序数据来探索RNA-seq
9.拯救你的RNA样品-针对非最佳样品的RNA-seq方法
10.Counts vs. FPKMs in RNA-seq
关键词：表达&转录
1.根据RPKM值来定义高低表达量基因
2.表达量数据需要spike-in的意义
3.想用表达量来说明生物学意义，请先读MAQC
4.转录组表达量差异分析的不同软件比较
5.表达量的8种normalization方法比较
6.基因表达分析（前传）-准备count矩阵
7.39个转录组分析工具，120种组合评估 ，转录组工具最优组合
8.转录组的五个高级分析
9.转录组测序的3种建库策略
10.转录组 de novo 分析的5篇参考文献
11.这篇转录组文章用到了BGI数据？
12.无参转录组De Novo组装—仅供参考
13.无参转录组Demo演示项目
14.无参转录组分析工具评估和流程展示
其他
1.差异基因GO富集[topGO包]
2.对差异分析结果进行差异分析
3.使用edgeR进行差异表达分析－前期摸索版
4.各种差异分析的包的比较
5.wgcna流程代码
6.Trinity的安装与使用
7.构建nr或者nt数据库的子库
8.fastqc结果报告分析
9.用Excel +PPT画heatmap
10.用unceqr软件通过RNA数据来验证DNA突变
11.用 ASprofile 软件对 Cufflinks 预测的转录本的可变剪切事件进行分类统计
12.Sentieon: GATK的手游加速器
13.从UCSC上下载人类基因组TSS(转录起始位点)区域bed文件实战
14.用limma包的voom函数来对RNA-seq数据做差异分析-新手版
15.基因的GC含量会影响它被二代测序的reads数量
16.重复文章 “RNA-seq的转录水平表达分析”
17.psRobot：植物小RNA分析系统
18.你们听说过recount计划吗
19.hisat2自带log为什么与samtools统计结果不一致
20.震惊！NCBI上就有RNA比对的protocol！
基因组
下面的目录建议先阅读，有很多基因组分析相关的知识，值得拥有。读完目录后，别忘记组学大全版块的基因组还有其他学习资源，都是很棒的学习资源。
1.直播我的基因组分析-目录-持续更新
2.GATK之SelectHeaders和RandomlySplitVariants
3.GATK之FastaStats和CountReads
4.GATK之VariantAnnotator
5.GATK之HaplotypeCaller
6.GATK之BaseRecalibrator
7.GATK best practice每个步骤都是必须的吗
8.2012年自闭症家系的928个外显子测序数据
9.2015年的320个非洲人的全基因组数据
10.2015年千人基因组计划的129个三口之家的全基因组数据
11.2015日本人的1070个全基因组数据
12.2015年909个冰岛人的全基因组数据
13.2016年人类长寿公司的万人全基因组数据
14.【精】本人的捕获测序数据分析代码，如有错误请大家提出建议
15.【读文献】了解一些ctDNA检测的基础知识
16.【读文献】WGS相对于WES的优势
17.老鼠模型WES研究文章一篇
18.如果需要同时比对多个参考基因组
19.不同组学研究建议采用的测序策略
20.基因组测序与生信分析流程准确度评价全攻略
21.基因组重测序研究之极端性状混池重测序分析流程
22.基因组de novo组装的5种gap
23.泛基因组测序（学习与探究）
24.已发表的基因组物种
25.华大基因的BGI-SEQ500 公开GIAB标准品数据 开放下载
26.FACETS统计外显子数据的拷贝数变异情况
27.全外显子组测序：用1%的基因组发现85%的致病变异
28.外显子测序发现急性红细胞白血病新突变
29.SAMtools, GATK, glftools and Atlas2找变异的区别
30.同样的fastq文件，用不同的流程、跑出的vcf有些差别
31.WGS和WES数据找CNV的区别
32.Pipeline: speedseq 无痛快速准确完成 WGS 的 SNV CNV SV calling
33.同一病人的不同组织的WES测序结果比较
34.为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小
35.SHOREmap练习MBS
36.ceRNA综述、数据库及经典文章
37.目前最好最完整的SOAPdenovo使用说明
38.跟据CDS突变位置快速查找rs号
39.gffcompare和gffread
40.非root用户interproscan的安装和使用
41.bedtools——基因组数据分析的瑞士军刀
42.使用bcftools、freebayes和varscan2 call SNV