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用R语言批量画韦恩图

需要画韦恩图的文件如下所示:

#CDR3_aa    count_all    count_IgM    count_IgA    count_IgG
CARGVDAGVDYW    243    25    196    22
CARHPRNYGNFDYW    174    171    3    0
CARENTMVRGVINPLDYW    166    8    75    83
CAREASDSISNWDDWYFDLW    129    15    114    0
CARDPDNSGAFDPW    118    1    117    0
CAKDLGGYW    98    3    4    91
CAREVADYDTYGWFLDLW    95    26    68    1
CVRNRGFFGLDIW    82    0    1    81
CARRSTNYHGWDYW    80    3    2    74

此处省略一万行。

简单解释一下数据,第一列是CDR3序列,我们需要对count_IgM    count_IgA    count_IgG这三列数据进行画韦恩图,数字大于0代表有,数字为0代表无。

这样我们根据序列就能得出每列数据所有的CDR3序列,即不为0的CDR3序列

每个个体都会输出一个统计文件,共20个文件需要画韦恩图

image005

对这个统计文件就可以进行画韦恩图。

画韦恩图的R代码如下:

library(VennDiagram)

files=list.files(path = ".", pattern = "type")

for (i in files){

a=read.table(i)

individual=strsplit(i,"\\.")[[1]][1]

image_name=paste(individual,".tiff",sep="")

IGM=which(a[,3]>0)

IGA=which(a[,4]>0)

IGG=which(a[,5]>0)

venn.diagram(list(IGM=IGM,IGA=IGA,IGG=IGG), fill=c("red","green","blue"), alpha=c(0.5,0.5,0.5), cex=2, cat.fontface=4, fontfamily=3, filename=image_name)

}

image007

但事实上,这个韦恩图很难表现出什么,因为我们的每个个体的count_IgM    count_IgA    count_IgG总数不一样。