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使用trimmomatic对illumina数据做质控-去接头还有去除低质量碱基

因为一直拿到的是公司给的特别好的数据,所以没太关注质控这个问题,最近拿到了raw data,才发现其实里面的门道挺多的。前面都是用cutadapt这个python软件来去除接头的,但是它有一个弊端,需要自己指定接头文件。正好朋友推荐了trimmomatic,是java软件,所以直接Google找到其官网,然后下载二进制版本解压即可使用!
反正对我的illumina测序数据来说,直接用它就可以把raw data 变成 clean data啦!
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转录组 de novo流程–包括转录本完整注释

有网友咨询过对于没有参考基因组或者转录组的物种,如何做RNA-seq分析。我觉得这个问题太大了,而且我还真的对这个没有经验。但是我以前看到过一篇文献,里面提到过一个非常全面的转录组 de novo组装注释流程,所以我摘抄了文章里面的生物信息学处理部分,分享给大家: Continue reading