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对CHIP-seq数据call peaks应该选取unique比对的reads吗?

对于CHIP-seq数据处理完全是自学的,所以有很多细节得慢慢学习回来,这次记录的就是当我们把测序仪的fastq数据比对到参考基因组之后,应该对比对的结果文件做什么样的处理,然后去给peaks caller软件拿来call peaks呢?我看过博客 提到只保留比对质量值大于30的,也看过博客提到只保留unique比对的reads,我这里拿一篇公共数据测试了一下它们的区别!数据描述如下: Continue reading