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自学CHIP-seq分析第八讲~寻找motif

motif是比较有特征的短序列,会多次出现的,一般认为它的生物学意义重大,做完CHIP-seq分析之后,一般都会寻找motif 。查找有两种,一种是de novo的,要求的输入文件的fasta序列,一般是根据peak的区域的坐标提取好序列 。另一种是依赖于数据库的搜寻匹配,很多课题组会将现有的ChIP-seq数据进行整合,提供更全面,更准确的motif数据库。

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