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4种方式下载roadmap计划的所有数据

精选的129个细胞系,细胞系的介绍如下:http://www.broadinstitute.org/~anshul/projects/roadmap/metadata/EID_metadata.tab
对每个细胞系,都至少处理了5个核心组蛋白修饰数据,还有其它若干转录因子数据。
官网介绍的很详细,我就不翻译了:

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6种方式下载ENCODE计划的所有数据

DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)ENCODE计划的重要性我就不多说了,如果大家还不是很了解,可以直接跳到本文末尾去下载一下ENCODE教程,好好学习。该计划采用以下几种高通量测序技术来刻画了超过100种不同的细胞系或者组织内的全基因组范围内的基因调控元件信息。本来只是针对人类的,后来对mouse以及fly等模式生物也开始测这些数据并进行分析了, 叫做 modENCODE
  • chromatin structure (5C)
  • open chromatin (DNase-seq and FAIRE-seq)
  • histone modifications and DNA-binding of over 100 transcription factors (ChIP-seq)
  • RNA transcription (RNAseq and CAGE)

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