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Bioconductor系列之biomaRt

biomaRt是一个超级网络资源库,里面的信息非常之多,就是网页版的biomaRt的R语言接口。谷歌搜索 the biomart user’s guide filetype:pdf 这个关键词,就看到关于这个包的详细介绍以及例子,我这里简单总结一下它的用法。

这个包一直在更新,函数总是变化,而且需要联网才能使用,基本上等于废物一个,希望大家不要使用它~

包的安装

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Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程

这个工具主要是针对不会bioperl不会API调取数据的生信纯菜鸟准备的,主要是方便大家批量研究某些感兴趣的基因,需要准备的数据就是基因名或者基因的ID号,能从该网站获取的资料非常多,可以是关于你的输入的基因名的各种数据库有的信息。

http://www.ensembl.org/biomart/

第一步:选取数据库,我一般选取人的

Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程243

第二步,选择上传数据的格式

Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程259

这个下拉框里面可以选取很多种格式,你随便张贴进去哪一种格式的基因ID都可以,也可以把做好的ID文件上传进去,批量获取基因信息。

Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程325

我这里输入的是几个免疫基因。

第三步,选择下载数据的格式

首先可以选择你上传的gene的可以转换的各种ID

Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程356

然后可以选择你上传的gene的各种序列

Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程358

可以选择的信息非常多,基本上可以想到的转换在这里都能做!!!

但是,始终没有脚本方便,只适合不太懂编程的菜鸟使用!

然后点击result即可,看到结果还可以导出成txt文档,点击右上角的GO即可

Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程458