十一 01

WES(五)不同软件比较

主要是画韦恩图看看,参考:http://www.bio-info-trainee.com/?p=893

对合并而且过滤的高质量snp信息来看看四种不同的snp calling软件的差异

我们用R语言来画韦恩图

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可以看出不同软件的差异还是蛮大的,所以我只选四个软件的公共snp来进行分析

首先是sample3

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然后是sample4

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然后是sample5

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可以看出,不同的软件差异还是蛮大的,所以我重新比较了一下,这次只比较,它们不同的软件在exon位点上面的snp的差异,毕竟,我们这次是外显子测序,重点应该是外显子snp

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然后我们用同样的程序,画韦恩图,这次能明显看出来了,大部分的snp位点都至少有两到三个软件支持

所以,只有测序深度达到一定级别,用什么软件来做snp-calling其实影响并不大。

 

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