十一 01

WES(四)不同个体的比较

3-4-5分别就是孩子、父亲、母亲

我对每个个体取他们的四种软件的公共snp来进行分析,并且只分析基因型,看看是否符合孟德尔遗传定律

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结果如下:

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粗略看起来好像很少不符合孟德尔遗传定律耶

然后我写了程序计算

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总共127138个可以计算的位点,共有18063个位点不符合孟德尔遗传定律,而且它们在染色体的分布情况如下

我检查了一下,不符合的原因,发现我把

chr1 100617887 C T:DP4=0,0,36,3 T:1/1:40 T:1/1:0,40:40 miss T:DP4=0,0,49,9 T:1/1:59 T:1/1:0,58:59 miss T:DP4=0,0,43,8 T:1/1:53 T:1/1:0,53:53 T:1/1:50

计算成了chr1 100617887 C 0/0 0/0 1/1 所以认为不符合,因为我认为只有四个软件都认为是snp的我才当作是snp的基因型,否则都是0/0

那么我就改写了程序,全部用gatk结果来计算。这次可以计算的snp有个176036,不符合的有20309,而且我看了不符合的snp的染色体分布,Y染色体有点异常

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但是很失败,没什么发现!