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自学miRNA-seq分析第五讲~miRNA表达量获取

拿到比对后的sam/bam文件之后,这只能算是level2的数据,一般我们给他人share我们的结果也是直接给表达矩阵的, miRNA分析跟mRNA分析类似,但是它的表达矩阵更好获取一点。如果是mRNA,我们一般会跟基因组来比较,而基因组就那24条参考染色体,想知道具体比对到了哪个基因,需要根据基因组注释文件来写程序提取表达量信息,现在比较流行的是htseq这个软件,我前面也写过教程如何安装和使用,这里就不啰嗦了。但是对于miRNA,因为我比对的就是那1881条前体miRNA序列,所以直接分析比对的sam/bam文件就可以知道每条参考miRNA序列的表达量了。  Continue reading