十二 30

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。
转录组如果只看表达量真的是超级简单,真是超级简单,而且人家作者本来就测是SE50,这种破数据,也就是看表达量用的!
首先作者分析结果是:
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自学miRNA-seq分析第五讲~miRNA表达量获取

拿到比对后的sam/bam文件之后,这只能算是level2的数据,一般我们给他人share我们的结果也是直接给表达矩阵的, miRNA分析跟mRNA分析类似,但是它的表达矩阵更好获取一点。如果是mRNA,我们一般会跟基因组来比较,而基因组就那24条参考染色体,想知道具体比对到了哪个基因,需要根据基因组注释文件来写程序提取表达量信息,现在比较流行的是htseq这个软件,我前面也写过教程如何安装和使用,这里就不啰嗦了。但是对于miRNA,因为我比对的就是那1881条前体miRNA序列,所以直接分析比对的sam/bam文件就可以知道每条参考miRNA序列的表达量了。  Continue reading