Jimmy老师看到一个学生复现了一个单细胞数据挖掘文章的图，可能是为了检测我在单细胞天地和B站学习的单细胞知识情况，遂让我也来做这个文献的单细胞部分的新鲜出炉的单细胞数据挖掘文章图表复现。
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现在单细胞还想“水”CNS恐怕得多组学了
我们组建了一大波生物信息学各项技能学习交流群，目录是：
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我在写教程，别人在写文章
很多人问针对RNA-seq数据如何找变异位点，尤其是肿瘤，比如TCGA计划的海量RNA-seq数据，所以我就写了教程：
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为什么你画的Seurat包PCA图与别人的方向不一致？
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网页工具可以搞定的结论你非要花十几万科研经费复现一遍
最近安排学员做了一下：Endothelial（单细胞研究调研），见：https://share.mubu.com/doc/6capdKnSkBv
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时间序列分析图文复现
今天复现的图来自文章信息：
题目：Dynamic network biomarker indicates pulmonary metastasis at the tipping point of hepatocellular carcinoma
杂志：NATURE COMMUNICATIONS | (2018) 9:678
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生信技能树携云筏科技免费向高校学生赠送Linux学习型服务器1年！
不知道大家是否还记得《云筏科技》呢，我们《生信技能树》已经多次推广了他们的科研云计算产品，不管是618活动的6.18折扣以及818活动的8折，基本上都是亏本赚吆喝。8折促销，就是：
- 学习型（共享24核64G内存）-海外，8折抢购价 400
- 进阶型（共享36核128G内存）-国内，8折抢购价 960
- 进阶型（共享36核128G内存）-海外，8折抢购价 1152
- 专业型（共享48核256G内存）-国内，8折抢购价 1920
- 专业型共享48核256G内存）-海外，8折抢购价 2400
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生信技能树四周年纪念日-阳光普照奖
先上开胃菜：凡是看到此推文的，无需集赞，均可获得腾讯云的8核心16G内存1T硬盘云服务器的账号一份，供练习Linux基础知识，全球任意地方均可无限制登陆！扫描填表即可领取（2020-08-28 统一发放）：
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学徒作业：生存分析
首发于生信技能树的微信公众号：人人都可以学会生存分析（学徒数据挖掘）
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什么，你感兴趣的GEO数据集没有关联到原始文献出处
一般来说，想挖掘GEO数据库的公共数据集，最后发表时候都要引用该数据集的原始文献。一个GSE数据集会关联到一个原始文献，比如：
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上皮细胞可以区分为恶性与否（CNS图表复现09）
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三阴性乳腺癌表达矩阵探索(公共数据库挖掘实战)
生信技能树联盟创始人jimmy手把手带你完成一个GEO数据库(GSE76275)挖掘实例，从必备R包安装，表达矩阵下载，PCA/boxplot/heatmp的数据检查，探针ID到基因ID的转换，根据生物学分组进行差异分析并且绘制火山图、热图，还有简单的超几何分布检验的KEGG等数据库注释结果。也有一点表达矩阵进行GSEA/GSVA分析，以及WGCNA分析。最后还根据TNBC(三阴性乳腺癌)的生物学特征提取指定基因的表达量，使用genefu这个R包进行PAM50分类。
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乳腺癌和结直肠癌的基因分型居然可以应用于前列腺癌
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朋友圈选美大赛
半年前我做了一个课程：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》 ，有意思的是没有一个人提交课程笔记，让我非常伤心，计划国庆节就解散钉钉群，删除钉钉群里面的录屏啦。
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你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞）
有了生物信息学数据分析，生命科学领域研究从此大不一样，不再是玄学。而且很多高质量的CNS文章，还好把配套文章的图表的数据和代码全部开源。比如前些天我们公布了唐医生推荐的《这个20G的单细胞项目数据和代码的压缩包有什么（python数据分析典范）》，很多粉丝表示从来没有想过居然需要学python，不是说好的基于R语言的统计可视化吗？
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你要的单细胞数据挖掘视频课程来啦（仅需?8元）
一个星期前，我们分享了：单细胞数据挖掘文章代码全放送！！！，并且在文末询问大家是否需要录制视频来讲解这方面代码，主要是单细胞数据处理的主线：质控 —— 降维 —— 聚类 —— 差异分析 —— 细胞注释 —— 轨迹分析。
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你的2个10x数据可以整合公共数据库的2个一起分析
看到华大基因团队的课题组丢在GigaScience杂志的一篇文章：Single-cell transcriptomic landscape of nucleated cells in umbilical cord blood ，链接是：https://academic.oup.com/gigascience/article/8/5/giz047/5484799 ，该研究仅仅是2个志愿者的脐带血单细胞转录组而已，但是成功的跟10X官网的外周血单细胞转录组细胞分群进行对比描述，讲述了一个比较好的生物学故事！
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模仿GEO-TCGA数据库挖掘文章的全套分析流程
这是一个学徒作业，首发于生信技能树公众号，见：《GEO数据挖掘课程》配套练习题
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免疫细胞亚群再分类（CNS图表复现05）
我们的CNS图表复现之旅已经开始，前面3讲是；
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免费视频课程LncRNA-seq数据分析实战
我这七年写了几万篇教程，制作了几百个小时的教学实战演练视频课程，都是免费分享在各大网站（B站，知乎，简书，博客，GitHub，微云），必然会出现部分教程过时，一些资料缺失（主要是链接失效）。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理，我不可能要求志愿者们在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。
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