最近学徒刚刚完成了RNA-seq的训练，我就随机抽取了一个公共数据库项目给他作为作业，研究者是通过CRISPR/Cas9对 nasopharyngeal carcinoma (NPC) 细胞系的p53引入了一个杂合突变 R280T ，然后看mRNA profiles of CNE2 (control) and KO CNE2 cells 的差异。 Continue reading →

转录组已经走入寻常百姓家了，现在生命科学领域实验设计搞个转录组测序就跟PCR和WB一样频繁和普及，但并不是所有人都会分析，我在全国巡讲分享生物信息学经验的时候特别指出了两个容易混淆的知识点，但大伙类似的错误认知还有不少，这里再详细讲解一个，也顺便diss一些已经发表的文章。 Continue reading →

看到文章：Mol Biol Cell. 2004 Jun; 题目是：Different gene expression patterns in invasive lobular and ductal carcinomas of the breast. 使用基因芯片技术，测了 21 ILCs, 38 IDCs, two lymph node metastases, and three normal tissues 样本的表达信息，最后全文的落脚点是 ILCs 和 IDCs的差异表达情况： Continue reading →

有学员问10x的3‘端测序来infer CNV 是否可靠？
这个问题，说实话，很难回答，因为要是能完整回答这个问题，其实就是一篇正经的生物信息学文章了。 Continue reading →

还记得当初在微信公众号已经成为了一片红海的时候，我们生信技能树由论坛和博客这样的过时的互联网形态转型杀进来微信公众号自媒体战场，当时奋斗的非常辛苦，虽然现在已经成为生物信息学领域当之无愧的流量当担。 Continue reading →