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多个病人的10x数据整合

现在10x已经是单细胞转录组领域商业首选,单个样本的结果很难满足大家的胃口,所以一次性做多个样本就成为了主流,让我们来看看多个样本数据如何整合吧。
比如发表在 Nat Med. 2018 Aug; 题目是:Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment. 共选取5例病人的共19个样本,通过10×genomics单细胞转录组测序探索基质细胞的亚群分类、基因功能(信号通路)、关键marker基因和临床预后。 Continue reading

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多分组差异分析策略

大家学习到的通常是两个组的样本进行差异分析,然后走标准分析流程,火山图,热图,GO/KEGG数据库注释等等。但真实情况下,通常是有多个分组,这个时候就会有多种策略可供选择了。
比如拿某一组的样本与剩余其它组所有样本进行比较,这样的差异分析策略还是蛮流行的! Continue reading