在linux系统里面安装matlab运行环境mcr

matlab毕竟是收费软件,而且是有界面的。所以搞生物信息的都用R和linux替代了,但是很多高大上的单位,比如大名鼎鼎的broadinstitute,是用matlab的,所以他们开发的程序也会以matlab代码的形式发布。但是考虑到大多研究者用不起matlab,或者不会用,所以就用linux系统里面安装matlab运行环境来解决这个问题,我们仍然可以把人家写的matlab程序,在linux命令行下面,当做一个脚本来运行!

比如,这次我就需要用broadinstitute的一个软件:Mutsig,找cancer driver gene的,http://www.broadinstitute.org/cancer/cga/mutsig_run,但是我看了说明才发现,它是用matlab写的,所以我要想在我的服务器用,就必须按照安装matlab运行环境,在官网可以下载:http://www.mathworks.com/products/compiler/mcr/

Capture3

我这里选择的是R2013a (8.1),下载之后解压是这样的,压缩包约四百多M

Capture1

然后直接在解压后的目录里面运行那个install即可,然后如果你的linux可以传送图像,那么就会想安装windows软件一样方便!如果你的linux是纯粹的命令行,那么,就需要一步步的命令行交互,选择安装地址,等等来安装了。

记住你安装之后,会显示一些环境变量给你,请千万要记住,然后自己去修改自己的环境变量,如果你忘记了,就需要搜索来解决环境变量的问题啦!安装之后是这样的:

Capture2

请记住你的安装目录,以后你运行其它matlab相关的程序,都需要把这个安装目录,当做一个参数传给你的其它程序的!!!

如果你没有设置环境变量,就会出各种各样的错误,用下面这个脚本可以设置

其中MCRROOT一般是$path/biosoft/matlab_running/v81/ 这样的东西,请务必注意,LD_LIBRARY_PATH非常重要,非常重要,非常重要!!!!

MCRROOT=$1
echo ---
LD_LIBRARY_PATH=.:${MCRROOT}/runtime/glnxa64 ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRROOT}/bin/glnxa64 ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRROOT}/sys/os/glnxa64;
MCRJRE=${MCRROOT}/sys/java/jre/glnxa64/jre/lib/amd64 ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE}/native_threads ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE}/server ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE}/client ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE} ;
XAPPLRESDIR=${MCRROOT}/X11/app-defaults ;
export LD_LIBRARY_PATH;
export XAPPLRESDIR;
echo LD_LIBRARY_PATH is ${LD_LIBRARY_PATH};

如果你没有设置正确,那么会报一下的错误!

error while loading shared libraries: libmwmclmcrrt.so.8.1: cannot o pen shared object file: No such file or directory

error while loading shared libraries: libmwlaunchermain.so: cannot o pen shared object file: No such file or directory

等等!!!

 

Comments are closed.