明明加载了包却无法使用它里面的函数

最近学员群有提问,说他加载了一个包,却无法使用它里面的函数。老实说,我对他这样的提问感到非常的头疼,因为接下来就无休止的沟通,比如具体是什么包是什么函数,然后学员的电脑操作系统,R版本等等。

大概率上是学员自己做错了什么,无独有偶,我在备课单细胞的时候,也遇到了这个问题,就是tradeSeq包的extract_monocle_info函数缺失问题,如下所示:

> library(tradeSeq)
> ??extract_monocle_info
> ?extract_monocle_info
No documentation for ‘extract_monocle_info’ in specified packages and libraries:
you could try ‘??extract_monocle_info’
> info <- tradeSeq::extract_monocle_info(cds)
错误: 'extract_monocle_info'不是'namespace:tradeSeq'内的出口对象:
>

但是,我搜索了包的文档,在 https://rdrr.io/github/statOmics/tradeSeq/man/ 可以肯定 这个extract_monocle_info函数的 代码也是存在: https://rdrr.io/github/statOmics/tradeSeq/src/R/extract_monocle_info.R

虽然我不知道为什么会出现这样的问题,大概率上是tradeSeq包的作者自己造成的不过,不应该是我们使用者需要去解决的,但是这样的bug很容易绕过去。

就是把 https://rdrr.io/github/statOmics/tradeSeq/src/R/extract_monocle_info.R 里面的代码复制粘贴到自己的R工作目录,成为一个 extract_monocle_info.R 文件,里面的代码就是网页的该函数代码。

接下来就先source这个本地的 extract_monocle_info.R 文件,然后就可以使用 tradeSeq包的extract_monocle_info函数啦。

是不是很机智!

其实如果你有比较好的R语言基础,这样的问题你也可以自己独立解决!

再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过,我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理

把R的知识点路线图搞定,如下:

  • 了解常量和变量概念
  • 加减乘除等运算(计算器)
  • 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
  • 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
  • 文件读取和写出
  • 简单统计可视化
  • 无限量函数学习

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