乳腺癌和结直肠癌的基因分型居然可以应用于前列腺癌

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最近看到一个研究：Abstract B093: 50 gene breast cancer (BC) RNA subtype classifier and colorectal cancer (CRC) CMS subtype classifier applied to 90 prostate cancer (PC) patients reveals distinct subtype differences

挺反常的；We used comprehensive genomic and transcriptomic data to determine the association of somatic and germline mutations in molecular PC subtypes using the CMS and 50-gene breast cancer classifiers.
基于RNAseq and WES 数据，这90个病人的分群结果是：

  • BC subtype distribution was 64.4% Luminal A, 31.1% Luminal B, 2.2% HER2-enriched, 2.2% normal-like, and 0 classified as Basal-like.
  • The CMS subtype distribution was 83.3% CMS4, 15.6% CM1, 1.1% CMS3, and 0 CMS2. Overlap comparison revealed that almost all LumA are CMS4 (56/58, 96.6%) and CMS1 are LumB (11/14, 78.6%).
    因为这个研究目前仅仅是会议摘要，所以并没有相应的图表出来。但是我非常好奇，这样的研究如何讲好一个生物学故事呢？
    学徒作业：去TCGA数据库，选择90个前列腺癌病人，根据这个文章的思路对它的转录组数据进行乳腺癌和结直肠癌的基因分型，然后对比这两个比例哈！

    背景知识

    前面我们在生信技能树公众号系统性总结分享过：CRC稳定的分子分型，没有背景知识的朋友可以去深入读文献：October 2015 The consensus molecular subtypes of colorectal cancer。
    是CRC分子分型领域的权威，提出4个consensus molecular subtypes (CMSs)，该研究整合了18个公共数据集，成功的划分成为了稳定的4类：

  • CMS1 (microsatellite instability immune, 14%), hypermutated, microsatellite unstable and strong immune activation;
  • CMS2 (canonical, 37%), epithelial, marked WNT and MYC signaling activation;
  • CMS3 (metabolic, 13%), epithelial and evident metabolic dysregulation;
  • CMS4 (mesenchymal, 23%), prominent transforming growth factor–β activation, stromal invasion and angiogenesis.
    同样的，在乳腺癌领域，基于基因在癌症中的表达，乳腺癌可以分为5个固有的分子亚型（PAM50）
  • Luminal A：荷尔蒙受体阳性（雌激素受体(ER)或者/以及雄激素受体(PR)阳性），HER2阴性，以及低水平的蛋白Ki-67，它可以帮助控制癌细胞生长的快慢。Luminal A癌症是低级的，趋向于生长缓慢，而且预后最好
  • Luminal B：荷尔蒙受体阳（性雌激素受体(ER)或者/以及雄激素受体(PR)阳性），HER2阳性或者HER2阴性伴随着较高水平的Ki-67。Luminal B这种类型的癌症一般比Luminal A型的癌症生长较快而且预后也较差。
  • Triple-negative/basal-like: 荷尔蒙受体阴性（性雌激素受体(ER)以及雄激素受体(PR)阴性）而且HER2阴性。这种类型的癌症在BRCA1基因突变的女性中是最常见的。研究中并不确定原因，但是这种类型的癌症也是更常见于年轻以及非洲裔美国人。
  • HER2-enriched: 荷尔蒙受体阴性（性雌激素受体(ER)以及雄激素受体(PR)阴性），HER2阳性。HER2-enriched 的癌症趋向于比luminal性癌症生长地快，而有较差的预后，但是它们通常可以用靶向HER2蛋白的治疗方法成功治疗。
  • Normal-like: 类似于Luminal A型癌症：荷尔蒙受体阳（性雌激素受体(ER)或者/以及雄激素受体(PR)阳性），HER2阴性伴随着较低水平的Ki-67。尽管normal-like型乳腺癌有一个较好的预后，它的预后依然要比Luminal A型癌症的预后要差。
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