免费视频课程-RNA-seq数据分析

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我这七年写了几万篇教程，制作了几百个小时的教学实战演练视频课程，都是免费分享在各大网站（B站，知乎，简书，博客，GitHub，微云），必然会出现部分教程过时，一些资料缺失（主要是链接失效）。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理，我不可能要求大家伙在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。比如这几天在登陆b站，就看到了“铺天盖地的”留言和私信，比如：

  • jimmy老师您好，我按照您发在B站上的【生信技能树】Chip-seq测序数据分析走到了得到fastq格式测序数据这一节，但是我这边用fastq-dump解压缩sra文件会报错，cat nohup.out显示的是unrecognized option: ‘—split-3’，请问我要怎么办呢？
  • 曾老师您好，我正在做关于融合基因分析，查了相关资料看到老师您分享的资料star-fusion是分析融合基因最好的资料，但是还是不能具体操作，老师您有相关的视频？
  • 当将TCGA的数据集随机划分时，当设置的随机种子不同，得到的模型会产生不同，并且在测试集上面的效果也会有不同。主要问题是我目前发现这个不同还挺大，我看了一些文献，他们都是随机的去划分，也没有进行重复，所以这里冒昧来问一下老师，就TCGA中数据集划分这个问题有没有什么看法？
  • 大神，我想学挖掘GEO数据的ceRNA的生信分析，没有找到相关视频，求问有没有推荐？
  • 您好！请问可以教一下从UCSC Xena下载的gene expression RNAseq 数据怎么做差异表达分析吗？
  • 老师让我根据一篇文献的思路做一下肾透明细胞癌的，但是因为文献中只给出了结果，没有过程，特别是有一些代码之类的，我是学生物信息学的，但是确实是学的不好，可以请您帮一下忙吗？帮忙分析一下这篇文章。
  • jimmy老师您好，非常喜欢您的GEO数据挖掘的相关课程，请问您讲课时用到的代码如何获得？
  • 我看了您在优酷发的百款常用生物信息学分析工具视频讲解，但是那个不清晰，可否分享一份链接学习一下呢，我是用来学习的，不是索取后买卖，如果可以的话，那就太感谢了！
  • 我想查找一个lncRNA在肝癌和癌旁细胞群里的表达量，或者在肝癌中的浸润性T细胞中的表达量，因为我的pcr结果显示这个lncRNA在正常肝组织的表达量是远远高于癌组织的，应该是个抑癌基因，但是在细胞系中过表达却没有明显的抑癌效果，所以我想看看它是否存在于一群特殊的细胞群中，而这群细胞在癌症组织中是很少的？ 我尝试在SCPortalen和scRNASeqDB搜索这个lncRNA，但查询不到，这是否意味着需要下载GEO数据，手动查看一下表达量？如果是这样，具体步骤能给大概说一下吗？

我非常能理解，大家想急切跟我交流的心情，其实就是初学者心态，七年前我也是这样过来的。但是我的时间和精力确实是有限的，很多事情我只能是雇人来做！接下来我会组建15个B站NGS组学答疑微信群，老规矩，需要18.8的入群费用，里面的群公告会及时更新课程相关资料，主要是云盘链接总是被坏人举报，太多的好资料需要更新。也会有一些答疑视频互动，以及对应的答疑推文。

今天，我们带来的是RNA-seq数据分析-B站免费课程交流群。

我们所有的群都是由生信技能树的官方拉群小助手操作，大家在应该是多次看到了：

视频观看方式

目前，上面的链接都是亲测有效的，如果你看完发现链接无法打开，说明已经里面被举报而封杀了，只能是去交流群拿到最新链接了。

需要基本生信背景知识

当然需要读者具备计算机基础知识，，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：

其中，R语言可能更重要一点，我把R的知识点路线图搞定，如下：

  • 了解常量和变量概念
  • 加减乘除等运算（计算器）
  • 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
  • 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
  • 文件读取和写出
  • 简单统计可视化
  • 无限量函数学习

如果大家没有时间自行慢慢学习，可以考虑我们生信技能树官方举办的学习班：

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