至于如何安装该软件，请见上一个教程

一．首先把snp-calling步骤的VCF文件转为annovar软件要求的格式

convert2annovar.pl   -format vcf4   12.vcf >12.annovar

二．进行注释

命令行参数比较多，还是用脚本来运行

# define path

infolder=/home/jmzeng/hoston/diff

outfolder=$infolder

annovardb=/home/jmzeng/bio-soft/annovar/humandb

# start annotating

/home/jmzeng/bio-soft/annovar/annotate_variation.pl \

--buildver hg19 \

--geneanno \

--outfile ${outfolder}/12.anno \

${infolder}/12.annovar  \

${annovardb}

三．输出结果解读

2.6M Apr 14 22:32 12.anno.exonic_variant_function

1.9K Apr 14 22:32 12.anno.log

1.3M Apr 14 22:32 12.anno.variant_function

重点是后缀为exonic_variant_function，这个文件对每一个vcf的突变都进行了注释。

这个结果就可以用来解析了，可以根据实验设计来找到自己感兴趣的突变。

第5.6列是染色体及pos坐标

第4列信息非常复杂，是突变的注释

第12列是测序深度，一般要大于20

我这里是先把注释文件转换成以下格式

location:chr1:874467 SAMD11:NM_152486:exon6:c.G478A:p.D160N

location:chr1:888639 NOC2L:NM_015658:exon9:c.A918G:p.E306E

location:chr1:888659 NOC2L:NM_015658:exon9:c.A898G:p.I300V

location:chr1:916549 PERM1:NM_001291367:exon2:c.T58C:p.W20R

location:chr1:949608 ISG15:NM_005101:exon2:c.G248A:p.S83N

location:chr1:980552 AGRN:NM_198576:exon13:c.G2266A:p.A756T

location:chr1:1114699 TTLL10:NM_001130045:exon4:c.G104A:p.R35Q

location:chr1:1158631 SDF4:NM_016176:exon4:c.T570C:p.D190D

location:chr1:1158631 SDF4:NM_016547:exon4:c.T570C:p.D190D

location:chr1:1164073 SDF4:NM_016176:exon2:c.C101T:p.A34V

然后比较两个文件，取不同的突变来格式化输出。