使用下面的代码模拟数据

df=do.call(rbind,lapply(1:10, function(i){
 data.frame(gene=paste0('gene',i,LETTERS),
 chr=sample(paste0('chr',1:22),26,replace = T),
 start= sample(1:1000,26))
}))
df=df[with(df,order(chr,start)),]
df$chr=as.factor(df$chr)
plot(df$chr,df$start,las=2)

首先我们的排序并没有按照染色体顺序，而是

> levels((df$chr))
 [1] "chr1" "chr10" "chr11" "chr12" "chr13" "chr14" "chr15" "chr16"
 [9] "chr17" "chr18" "chr19" "chr2" "chr20" "chr21" "chr22" "chr3" 
[17] "chr4" "chr5" "chr6" "chr7" "chr8" "chr9" 
>

这个顺序显然不是我们想要的：

绘制出来的boxplot如下：

那么简单的一个转换即可，代码如下：

df$chr=factor(df$chr,paste0('chr',1:22),ordered = T)
df=df[with(df,order(chr,start)),]
plot(df$chr,df$start,las=2)

绘制出来的新的boxplot如下：