一、下载安装该软件。

网上可以搜索到下载地址，解压之后make即可

一般都会报错

In file included from bam_cat.c:41:0:

htslib-1.1/htslib/bgzf.h:34:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory

 #include <zlib.h>

^

compilation terminated.

make: *** [bam_cat.o] Error 1

然后，居然就通过了，晕。有时候我实在是搞不定linux系统一些具体的原理，但是反正就是能用！学会搜索，学会试错即可。

直到两年后我才理解（linux下 的软件安装需要指定路径，而且是自己有权限的路径，2016年11月23日10:12:11），比如安装下面的方式来安装软件：

mkdir -p ~/biosoft/myBin
echo 'export PATH=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin/bin:$PATH' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
cd ~/biosoft
mkdir cmake && cd cmake
wget http://cmake.org/files/v3.3/cmake-3.3.2.tar.gz
tar xvfz cmake-3.3.2.tar.gz
cd cmake-3.3.2
./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin  ## 这里非常重要
make
make install

但是有些电脑会报另外一个错

#include <curses.h>

^

compilation terminated.

make: *** [bam_tview_curses.o] Error 1

我也顺便解决一下，因为以前我的服务器遇到过，也是很纠结的。

sudo apt-get install libncurses5-dev

二．准备数据及使用，见我的snp-caling流程

http://www.bio-info-trainee.com/?p=439

samtools view -bS tmp1.sam > tmp1.bam

samtools sort tmp1.bam tmp1.sorted

samtools index tmp1.sorted.bam 

samtools mpileup -d 1000  -gSDf   ../../../ref-database/hg19.fa  tmp1.sorted.bam |bcftools view -cvNg –  >tmp1.vcf

因为这个软件都是与bwa和bowtie等能产生sam文件的软件合作才能使用。

其中这个软件参数还是蛮多的，但是常用的就那么几个，网上也很容易找到教程

简单附上一点资料

 

 

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍

1. view

view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。

bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。

view命令中，对sam文件头部的输入(-t或-T）和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。

Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]默认情况下不加 region，则是输出所有的 region. Options:

-b       output BAM                  默认下输出是 SAM 格式文件，该参数设置输出 BAM 格式         -h       print header for the SAM output                  默认下输出的 sam 格式文件不带 header，该参数设定输出sam文件时带 header 信息         -H       print header only (no alignments)         -S       input is SAM                  默认下输入是 BAM 文件，若是输入是 SAM 文件，则最好加该参数，否则有时候会报错。

例子：

#将sam文件转换成bam文件$ samtools view -bS abc.sam > abc.bam$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam

#提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam #提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果，只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果$ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam #提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果，并保存到sam文件格式$ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam #提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果$ samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000 > scaffold1_30k-100k.sam #根据fasta文件，将 header 加入到 sam 或 bam 文件中$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam

2. sort

sort对bam文件进行排序。

Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix>  -m 参数默认下是 500,000,000 即500M（不支持K，M，G等缩写）。对于处理大数据时，如果内存够用，则设置大点的值，以节约时间。-n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。

例子：

$ samtools sort abc.bam abc.sort$ samtools view abc.sort.bam | less -S

3.merge

将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。

Usage:   samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...] Options: -n       sort by read names         -r       attach RG tag (inferred from file names)         -u       uncompressed BAM output         -f       overwrite the output BAM if exist         -1       compress level 1         -R STR   merge file in the specified region STR [all]         -h FILE  copy the header in FILE to <out.bam> [in1.bam] Note: Samtools' merge does not reconstruct the @RG dictionary in the header. Users      must provide the correct header with -h, or uses Picard which properly maintains      the header dictionary in merging.

4.index

必须对bam文件进行默认情况下的排序后，才能进行index。否则会报错。

建立索引后将产生后缀为.bai的文件，用于快速的随机处理。很多情况下需要有bai文件的存在，特别是显示序列比对情况下。比如samtool的tview命令就需要；gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要。

Usage: samtools index <in.bam> [out.index]

例子：

#以下两种命令结果一样$ samtools index abc.sort.bam$ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai

5. faidx

对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条（子）序列

Usage: samtools faidx <in.bam> [ [...]] 对基因组文件建立索引$ samtools faidx genome.fasta#生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件，分成了5列。第一列是子序列的名称；第二列是子序列的长度；个人认为“第三列是序列所在的位置”，因为该数字从上往下逐渐变大，最后的数字是genome.fasta文件的大小；第4和5列不知是啥意思。于是通过此文件，可以定位子序列在fasta文件在磁盘上的存放位置，直接快速调出子序列。 #由于有索引文件，可以使用以下命令很快从基因组中提取到fasta格式的子序列$ samtools faidx genome.fasta scffold_10 > scaffold_10.fasta

6. tview

tview能直观的显示出reads比对基因组的情况，和基因组浏览器有点类似。

Usage: samtools tview <aln.bam> [ref.fasta] 当给出参考基因组的时候，会在第一排显示参考基因组的序列，否则，第一排全用N表示。按下 g ，则提示输入要到达基因组的某一个位点。例子“scaffold_10:1000"表示到达第10号scaffold的第1000个碱基位点处。使用H(左）J（上）K（下）L（右）移动显示界面。大写字母移动快，小写字母移动慢。使用空格建向左快速移动（和 L 类似），使用Backspace键向左快速移动（和 H 类似）。Ctrl+H 向左移动1kb碱基距离； Ctrl+L 向右移动1kb碱基距离可以用颜色标注比对质量，碱基质量，核苷酸等。30～40的碱基质量或比对质量使用白色表示；20～30黄色；10～20绿色；0～10蓝色。使用点号'.'切换显示碱基和点号；使用r切换显示read name等还有很多其它的使用说明，具体按 ？ 键来查看。

 

参考：samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

http://www.plob.org/2014/01/26/7112.html