阅读捕获测序文章并下载数据

一.阅读文献找到SRP

该文献讲了单分子测序在医疗领域的一个应用,我感觉挺重要的,就分析了一下,然后下载了数据,准备处理一下。

Single-step capture and sequencing of natural DNA for detection of BRCA1 mutations

 

捕获测序文章解析并下载数据162

 

在NCBI查到该数据地址,并且用脚本下载即可

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRP007097

捕获测序文章解析并下载数据348

下载之后的数据如下,共19个测序文件,都是200K左右大小,那两个一百多M的可能是下载错了

 

 

for i in {32..52}

do

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR258/SRR2588$i/SRR2588$i.sra

Done

 

下载的19个数据,都是只有1万多条序列。

捕获测序文章解析并下载数据346

因为这些判断都是对BRCA1这个基因进行目标性测序,所以接下来需要对它们进行特殊的处理。

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