GEOquery包的getGEO函数总是无法下载肿么办

在生信技能树我发布的GEO数据库挖掘教程也有不少了:目录:
解读GEO数据存放规律及下载,一文就够
解读SRA数据库规律一文就够
从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够
GSEA分析一文就够(单机版+R语言版)
根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的
差异分析得到的结果注释一文就够
通常我都是教大家使用下面的代码下载任意GEO数据库的数据集:

options(stringsAsFactors = F)
# 注意查看下载文件的大小,检查数据 
f='GSE76275_eSet.Rdata'
library(GEOquery)
# 这个包需要注意两个配置,一般来说自动化的配置是足够的。
#Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
#Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
if(!file.exists(f)){
 gset <- getGEO('GSE76275', destdir=".",
 AnnotGPL = F, ## 注释文件
 getGPL = F) ## 平台文件
 save(gset,file=f) ## 保存到本地
}
load('GSE76275_eSet.Rdata') ## 载入数据

但总是有部分大陆的朋友使用起来很困难,错误如下:

通常只有的网络错误,都很诡异,毕竟长城在这里。
解决方式也简单,加上代码: options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) 即可!
再次运行后如下:

修改后就没有问题啦,下载进度条很喜人:

但是,这个时候会引入另外一个问题,如下:

新的问题需要新的解决方案,我们下回再讲。

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