用Miniconda,Bioconda来安装常见的生物信息学软件

这是生信技能树论坛的朋友推荐的,我试用了一下,的确非常方便~
生信最基础的基本功便是常用软件的安装和配置,但是不是所有软件都可以直接使用的[比如 annovar 等]。除了安装编译,有些软件所需环境的配置同样令人头疼。会不断报错提醒你那些东西没有安装。
    bioconda里面几乎涵盖了引用率较高的,好用的工具的打包资源,一键式安装,并且各自依赖的环境相互分隔,每次使用source activate env_name 来激活。使用source deactivate 来退出。具体软件列表见:https://anaconda.org/bioconda/repo 但是列表不支持搜索,可以去它的github里面去搜索  https://bioconda.github.io/
    而且不需要root权限也可以安装软件。

安装bioconda非常简单,只需要在你的服务器容易目录运行:
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
即可,这样会默认在你的home目录下新建一个miniconda2的文件夹,然后一切默认即可~
而且默认修改了你的环境变量文件, 即bashrc文件:
# added by Miniconda2 4.1.11 installer
export PATH="/home/jmzeng/miniconda2/bin:$PATH"
需要source一下
1
然后你就可以使用/home/jmzeng/miniconda2/bin 下面的 conda命令啦~
如果你想安装列表中的软件,进入 该软件的conda主页:https://anaconda.org/bioconda/cutadapt
里面会告诉你应该输入什么命令~
2
然后进入miniconda2文件夹里面的pkgs文件夹下面找到安装好的cutadapt软件,直接使用即可:
python /home/jmzeng/miniconda2/pkgs/cutadapt-1.10-py27_0/bin/cutadapt --help
大功告成!!!

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