看到一个网页工具文章的figure2，列出来了2015 WHO classification 的肺癌分类，From: LCE: an open web portal to explore gene expression and clinical associations in lung cancer Continue reading
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Daily Archives: 2020年1月20日
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发表在NatureMethods的这款工具ExpressionBlast的价值被严重低估
最近看到朋友圈分享的推文里面的一篇文献里面提到了ExpressionBlast工具，主要是对基因表达差异分析结果进行注释。
文章是2019年12月17日，cell子刊Cell Reports发表的研究“SIRT6 Promotes Hepatic Beta-Oxidation via Activation of PPARα”，论文证明长寿蛋白SIRT6在促进脂肪燃烧、调控肝脏脂肪代谢中起着重要作用。 Continue reading
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多分组差异分析续集
大家学习到的通常是两个组的样本进行差异分析，然后走标准分析流程，火山图，热图，GO/KEGG数据库注释等等。这些流程的视频教程都在B站和GitHub了，目录如下： Continue reading
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都不知道自己还有一本书
不知不觉两年多过去了，最近整理以前学习群记录发现了当初的宏伟计划，其中一个小成果是：生物信息学最佳实践–基础篇。图灵出版社的编辑鞭策我一年多了，还没有把它整理成为出版级别的质量，我也不知道为什么，也不知道问题出在哪里。（总之自己的精力被不喜欢的科研耗着了，我也很无语） Continue reading
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单细胞circRNA初步了解
前面我们系统性地总结了circRNA的相关背景知识：
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单细胞bus
谷歌邮箱推送给我了关键词订阅文献，单细胞的，我看到如下所示： Continue reading
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单细胞转录组数据分析的时候可以加上wgcna
WGCNA分析大家都不陌生了，我在生信技能树多次写教程分享WGCNA的实战细节：
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单细胞染色质开放区域测序技术被NIH的kejizhao承包了
最近听了南科大靳文菲老师演讲，其中一页PPT提到了他发表在[Nature.](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26605532#) 2015 Dec 的文章：Genome-wide detection of DNase I hypersensitive sites in single cells and FFPE tissue samples.就是单细胞染色质开放区域测序技术，我比较感兴趣就搜索了一下发现了一个很有趣的事实 Continue reading
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单细胞分群后继续分亚群
众所周知，单细胞水平的研究，就是为了深入了解异质性，除了可以区分已知的细胞亚型，还可以对亚型进一步细分，或者找到全新的细胞亚型。当然了，每个细胞亚型的marker基因需要一些生物学背景。 Continue reading
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单细胞测序都不配拥有姓名了吗
最近刷文献，发表在 October 7, 2019的PNAS的：Immune effector monocyte–neutrophil cooperation induced by the primary tumor prevents metastatic progression of breast cancer 粗略的看完了全文才发现里面居然是有单细胞转录组的。但是搜索全文，才出现5次single这个单词。 Continue reading
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4千万科研经费告诉你什么是生物学研究的热点
据青塔公众号推文，近日，国家自然科学基金委员会更新了科学基金网络信息系统，公布了2019年国家自然科学基金重大项目的立项名单。2019年共有46个重大项目获资助（1个重大项目一般有3-5个课题），其中课题数共有201个，总资助经费8.86亿元。其中对我们单细胞天地公众号来说，感兴趣的就是单细胞相关课题了，如下： Continue reading
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代码海洋-你想模仿的这里都有啊
最近看文献：Integrative Pharmacogenomics Analysis of Patient Derived Xenografts 又一次遇到了codeocean ，算是生物信息学数据分析者的一个福音，因为大量的好文章都是把绘图数据及代码一股脑的打包上去了，关键是都是可以重复出来的！ Continue reading