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用lumi包来处理illumina的bead系列表达芯片

表达芯片大家最熟悉的当然是affymetrix系列芯片啦,而且分析套路很简单,直接用R的affy包,就可以把cel文件经过RMA或者MAS5方法得到表达矩阵。illumina出厂的芯片略微有点不一样,它的原始数据有3个层级,一般拿到的是Processed data (示例), 当仍然需要一系列的统计学方法才能提取到表达矩阵。我比较喜欢用bioconductor,所以下面讲一讲如何用lumi包来处理这个芯片数据!

这个lumi包的使用代码和说明书都有,按部就班的学一遍就好了。
如果仅仅是分析数据,那么并不难,但是每个分析步骤后面都隐含着一系列的统计学方法,想彻底搞清楚他它们, 就很难了。

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illumina的bead 系列表达芯片扫盲

表达芯片大家最熟悉的当然是affymetrix系列芯片啦,而且分析套路很简单,直接用R的affy包,就可以把cel文件经过RMA或者MAS5方法得到表达矩阵。illumina出厂的芯片略微有点不一样,它的原始数据有3个层级,一般拿到的是Processed data (示例), 当仍然需要一系列的统计学方法才能提取到表达矩阵。接下来我们首先讲一讲illumina的bead 系列表达芯片基础知识吧: Continue reading