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	<title>生信菜鸟团 &#187; roxygen</title>
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		<title>如何安装别人开发的未发表的包</title>
		<link>http://www.bio-info-trainee.com/2092.html</link>
		<comments>http://www.bio-info-trainee.com/2092.html#comments</comments>
		<pubDate>Tue, 29 Nov 2016 23:49:52 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[R]]></category>
		<category><![CDATA[devtools]]></category>
		<category><![CDATA[github]]></category>
		<category><![CDATA[roxygen]]></category>
		<category><![CDATA[R包]]></category>

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		<description><![CDATA[我以为我写完了R包终极解决方案！ 之后，应该不会再有任何关于R包安装的问题产生了 &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/2092.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p>我以为我写完了<a href="http://www.biotrainee.com/thread-144-1-1.html">R包终极解决方案！</a> 之后，应该不会再有任何关于R包安装的问题产生了，但仔细回过头来看才发现，我介绍的都是如何从CRAN或者bioconductor里面安装正规发布的包，但是有很多人开发的是自己私人的包，而我们有的确非常需要用怎么办？？这个时候就需要下载别人开发的包来安装了。比如我R包地址见github：<a href="https://github.com/jmzeng1314/humanid" target="_blank">https://github.com/jmzeng1314/humanid</a> <span id="more-2092"></span></p>
<p>首先你必须确定这个包是干净的，没有危险，然后要确定你的确需要这个包，因为大多数是时候你其实只需要他包里面一个函数即可。如果确定需要安装，就安装一个git软件吧，然后git clone https://github.com/jmzeng1314/humanid.git  这样就把这个R包下载到了自己指定的目录，或者如果你懒得安装git软件，直接在github网页里面下载成zip格式的压缩包也行。</p>
<p>下载的R包里面有一个.Rproj后缀的文件，可以自己双击打开，在Rstudio里面就可以点击build安装这个R包了，如图：</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/11/R-package-install.png"><img class="alignnone size-full wp-image-2094" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/11/R-package-install.png" alt="r-package-install" width="541" height="227" /></a></p>
<p>安装完毕后就会自动加载这个包，然后就可以看到它里面的各种函数和数据的！你已经成功的接收了别人的代码啦！</p>
<p><img class="alignnone size-full wp-image-2093" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/11/R-package-help.png" alt="r-package-help" width="898" height="380" /></p>
<p>&nbsp;</p>
<p>那么是不是安装好了这个包，你就可以使用它了呢？其实不然，如果是已经发表的正规的包，一般会写好完全的依赖关系，所以在你安装过程中，会提示你不停地安装各种包，但是我的包没有，只有在你运行我但是的时候，我才会报错，告诉你你需要安装某某包！的确有点傻，因为我懒得去写依赖关系，或者说，我还没有学到！</p>
<p>&gt; keggAnno()<br />
Show Traceback</p>
<p>Rerun with Debug<br />
Error in loadNamespace(name) : <strong><span style="color: #ff0000;">there is no package called ‘DT’</span> </strong><br />
&gt;</p>
<p>这样做其实也有好处，你无论如何都是可以把我的包安装上的，虽然你可能安装上了也无法使用。</p>
<p>&gt; install.packages('DT')<br />
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/DT_0.2.zip'<br />
Content type 'application/zip' length 950203 bytes (927 KB)<br />
downloaded 927 KB</p>
<p>package ‘DT’ successfully unpacked and MD5 sums checked</p>
<p>The downloaded binary packages are in<br />
C:\Users\jimmy\AppData\Local\Temp\RtmpoT4VWl\downloaded_packages<br />
&gt;</p>
<p>很容易安装好了DT这个包，我的函数就可以使用啦！keggAnno()这个函数默认运行成功是没有提示的，但是你可以查看你当前目录，的确多了一个kegg注释文件，可以把你感兴趣的基因批量注释到KEGG数据库。</p>
]]></content:encoded>
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		</item>
		<item>
		<title>如何开发自己的R包</title>
		<link>http://www.bio-info-trainee.com/2089.html</link>
		<comments>http://www.bio-info-trainee.com/2089.html#comments</comments>
		<pubDate>Tue, 29 Nov 2016 23:40:30 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[R]]></category>
		<category><![CDATA[devtools]]></category>
		<category><![CDATA[github]]></category>
		<category><![CDATA[roxygen]]></category>
		<category><![CDATA[R包]]></category>

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		<description><![CDATA[随着R语言的流行度的提高，开发一个R包已经不再是专业程序猿才有的技能了。我这里讲 &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/2089.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p>随着R语言的流行度的提高，开发一个R包已经不再是专业程序猿才有的技能了。我这里讲的不是如何写一个包含了复杂统计公式或者发表一篇SCI文章的包，而是简简单单的用Rstudio自带的创建包的功能把自己的几个函数和数据打包！！！我R包地址见github：<a href="https://github.com/jmzeng1314/humanid" target="_blank">https://github.com/jmzeng1314/humanid</a><span id="more-2089"></span></p>
<p>起初，我也是搜索了一下资料的，资料如下：</p>
<div><em><a href="https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200486488-Developing-Packages-with-RStudio">https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200486488-Developing-Packages-with-RStudio</a> </em></div>
<div><em>使用Rstudio工具，只需要鼠标点击记下就可以创建自己的R包了！</em></div>
<div><em>首先需要自行读完下面4个教程</em></div>
<ul>
<li><em><a href="http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html">Writing R Extensions</a></em></li>
<li><em><a href="http://r-pkgs.had.co.nz/">R Packages (Hadley Wickham)</a></em></li>
<li><em><a href="http://cran.r-project.org/doc/contrib/Leisch-CreatingPackages.pdf">Creating R Packages: A Tutorial (Friedrich Leisch)</a></em></li>
<li><em><a href="http://portal.stats.ox.ac.uk/userdata/ruth/APTS2012/Rcourse10.pdf">Making an R Package (R.M. Ripley)</a></em></li>
</ul>
<div><em>重点并不在如何创建包，而是在如何写包里面的函数，readme，还有data，如果你觉得上面的文档看得有点枯燥，还可以去YouTube里面看看视频，十几分钟就可以说明白如何创建R包：</em></div>
<div><em><a href="http://stat545.com/packages05_foofactors-package-02.html">http://stat545.com/packages05_foofactors-package-02.html</a></em></div>
<div></div>
<div><em>R包最好是跟自己的github账号同步，首先<a href="https://www.r-bloggers.com/rstudio-and-github/">https://www.r-bloggers.com/rstudio-and-github/</a> </em></div>
<p>&nbsp;</p>
<p>如果你不想看上面我看过的教程，那么就看我写的吧！</p>
<p><span style="color: #ff0000;">首先安装devtools和roxygen这两个辅助开发R包的包，然后在Rstudio的File菜单下面有一个new project继续选择new directory，选择R package，然后就可以啦！！！这时候你已经成功了开发了一个自己的包</span>，里面也自带了一个函数。当然，这样的包没有任何意义，只是为了让你明白什么是开发一个R包，然后你可以添加自己的函数和数据，为了方便理解，对每个函数还需要写详细的帮助文档。<span style="color: #ff0000;">如果的包里面调用了其它公共包，还需要写清楚依赖关系</span>。如下图：</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/11/R-package-create.png"><img class="alignnone size-full wp-image-2090" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/11/R-package-create.png" alt="r-package-create" width="948" height="518" /></a></p>
<p>&nbsp;</p>
<p>&nbsp;</p>
]]></content:encoded>
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