tumorRPKM=read.table('GSM1536837_06_01_15_TCGA_24.tumor_Rsubread_FPKM.txt.gz',sep = '\t',stringsAsFactors = F,header = T)

colnames(tumorRPKM)[1]='geneSymbol'

rownames(tumorRPKM)=tumorRPKM$geneSymbol

tumorRPKM=tumorRPKM[,-1]

tumorRPKM=round( as.matrix(tumorRPKM),3)

tumorRPKM=as.data.frame(tumorRPKM)

tumorRPKM$geneSymbol = rownames(tumorRPKM)

#load(file = 'tumorRPKM.rData')

tumorCancerType2amples=read.table('GSE62944_06_01_15_TCGA_24_CancerType_Samples.txt',sep = '\t',stringsAsFactors = F)

colnames(tumorCancerType2amples)=c('sampleID','CancerType')

lapply(unique((tumorCancerType2amples$CancerType)), function(x){

#x='PRAD';

sampleList=tumorCancerType2amples[tumorCancerType2amples$CancerType==x,1]

sampleList=gsub("-",".", sampleList)

tmpMatrix=tumorRPKM[,c('geneSymbol',sampleList)]

dbWriteTable(con, paste('tumor',x,'RPKM',sep='_'), tmpMatrix, append=F,row.names=F)

})

软件官网有详细的介绍：https://gemini.readthedocs.io/en/latest/

而且提供丰富的教程：

We recommend that you follow these tutorials in order, as they introduce concepts that build upon one another.

• Introduction to GEMINI, basic variant querying and data exploration. html pdf
• Identifying de novo mutations underlying Mendelian disease html pdf
• Identifying autosomal recessive variants underlying Mendelian disease html pdf
• Identifying autosomal dominant variants underlying Mendelian disease html pdf
• Other GEMINI tools html pdf

软件本身并不提供注释，虽然它的功能的确包括注释，号称可以利用(ENCODE tracks, UCSC tracks, OMIM, dbSNP, KEGG, and HPRD.)对你的突变位点注释，比如你输入1       861389  .       C       T       ，它告诉你这个突变发生在哪个基因，对蛋白改变如何？是否会产生某些疾病？

虽然它本身没有注释功能，但是它会调用snpEFF或者VEP进行注释，你需要自己先学习它们。

软件安装：

GEMINI是用python写的，有一个小脚本可以自动完成安装过程：

7.3K May  4 14:44 gemini_install.py

下载这个脚本，然后安装即可

wget https://github.com/arq5x/gemini/raw/master/gemini/scripts/gemini_install.py

python gemini_install.py $tools $data

PATH=$tools/bin:$data/anaconda/bin:$PATH

where $tools and $data are paths writable on your system.

我把$tools用的就是当前文件夹，$data也是当前文件夹下面的gemini文件夹。

这样就会在当前文件夹下面生成两个文件夹，bin是存储程序，gemini是存储数据用的，而且注意要把bin目录的全路径添加到环境变量！

输入数据：

我们可以直接下载软件作者提供的测试数据

首先是22号染色体的所有突变位点经过WEP注释的文件

然后是一个三口直接的突变ped格式数据

数据存放在亚马逊云，所有的教程pdf也在

http://s3.amazonaws.com/gemini-tutorials

如果是你自己的vcf文件，需要自己用VEP注释一下

运行命令：

结果解读：

产生是chr22.db就是一个数据库格式的文件，但是需要用gemini 来进行查询，个人认为，并没有多大意思！

你只要熟悉mySQL等SQL语言，完全可以自己来！

这时候可能会用到mysql，把一些公共数据库本地化，方便使用，但是数据的下载已经存储到mysql等数据库中间会有很多值得玩味的事情。

我这里给大家指出一个还算比较标准的参考，就是bioconductor官方制作的数据库设计代码。

bioconductor官方注释方面的包(主要是各种ID的转换，KEGG或者GO这样的功能注释，基因信息注释，转录本，外显子起始终止等等)

目前为止，bioconductor是3.3版本，共896个包

大部分包都是以sqlite的数据库标准发布，所以建表语句是一样的。

所有代码见：https://github.com/Bioconductor-mirror/AnnotationDbi/blob/release-3.2/inst/DBschemas

部分代码如下：

CREATE TABLE metadata (
name VARCHAR(80) PRIMARY KEY,
value VARCHAR(255)
);
CREATE TABLE go_ontology (
ontology VARCHAR(9) PRIMARY KEY,               -- GO ontology (short label)
term_type VARCHAR(18) NOT NULL UNIQUE          -- GO ontology (full label)
);
CREATE TABLE go_term (
_id INTEGER PRIMARY KEY,
go_id CHAR(10) NOT NULL UNIQUE,               -- GO ID
term VARCHAR(255) NOT NULL,                   -- textual label for the GO term
ontology VARCHAR(9) NOT NULL,                 -- REFERENCES go_ontology
definition TEXT NULL,                         -- textual definition for the GO term
FOREIGN KEY (ontology) REFERENCES go_ontology (ontology)
);
CREATE TABLE sqlite_stat1(tbl,idx,stat);
CREATE TABLE go_obsolete (
go_id CHAR(10) PRIMARY KEY,                   -- GO ID
term VARCHAR(255) NOT NULL,                   -- textual label for the GO term
ontology VARCHAR(9) NOT NULL,                 -- REFERENCES go_ontology
definition TEXT NULL,                         -- textual definition for the GO term
FOREIGN KEY (ontology) REFERENCES go_ontology (ontology)
);

很多时候大家的服务器可能并不是想联网，只是想玩一下，或者只是因为生信的某些软件要求数据库，所以大家可能会单独安装mysql，或者想学习perl的CGI模块，需要apache。

ubuntu上安装mysql

非常简单只需要几条命令就可以完成。

1. sudo apt-get install mysql-server

2. sudo apt-get install mysql-client

3.  sudo apt-get install libmysqlclient-dev

安装过程中会提示设置密码什么的，注意设置了不要忘了，安装完成之后可以使用如下命令来检查是否安装成功：

sudo netstat -tap | grep mysql

通过上述命令检查之后，如果看到有mysql 的socket处于 listen 状态则表示安装成功。

登陆mysql数据库可以通过如下命令：

mysql -u root -p

-u 表示选择登陆的用户名， -p 表示登陆的用户密码，上面命令输入之后会提示输入密码，此时输入密码就可以登录到mysql。

Ubuntu上安装Apache

在Ubuntu上安装Apache，有两种方式：1 使用开发包的打包服务，例如使用apt-get命令；2 从源码构建Apache。本文章将详细描述这两种不同的安装方式。

方法一：使用开发包的打包服务——apt-get

安装apache，在命令行终端中输入一下命令：

$ sudo apt-get install apache2

安装完成后，重启apache服务，在命令行终端中输入一下命令：

$ sudo /etc/init.d/apache2 restart

可能会出现的问题1： NameVirtualHost *:80 has no VirtualHosts，

出现上述问题的原因：定义了多个NameVirtualHost，故将/etc/apache2/ports.conf中的NameVirtualHost *:80注释掉即可。

可能会出现的问题2： Could not reliably determine the server's fully qualified domain name, using 127.0.1.1 for ServerName

原因：

根据提示，无法可靠的确定服务器的有效域名，使用127.0.1.1作为服务器域名。应此，在下面的测试中，应该使用127.0.1.1，而不是127.0.0.1！

解决：

$ vim /etc/apache2/httpd.conf，在文件中添加：

ServerName localhost:80，再次重启apache2，就可以使用127.0.0.1来访问web服务器啦！

测试：

在浏览器里输入http://localhost或者是http://127.0.0.1，如果看到了It works!，那就说明Apache就成功的安装了，Apache的默认安装，会在/var下建立一个名为www的目录，这个就是Web目录了，所有要能 过浏览器访问的Web文件都要放到这个目录里。