我的阿里云服务器版本是CentOS 6.5.，属于（RedHat 7, Ubuntu 15.04+, SLES 12+)  系列，是目前最新版本的服务器管理，所以大家重点是记住这个systemctl 即可：

例子如下：

总结一下就是，最新的系统用的是systemctl， 是一种管制服务的主要工具， 它整合了chkconfig 与 service功能于一体。如果你查看很多教程里面提到了chkconfig 与 service，你尽管用这个systemctl替代就好了

systemctl is-enabled iptables.service
systemctl is-enabled servicename.service #查询服务是否开机启动
systemctl enable *.service #开机运行服务
systemctl disable *.service #取消开机运行
systemctl start *.service #启动服务
systemctl stop *.service #停止服务
systemctl restart *.service #重启服务
systemctl reload *.service #重新加载服务配置文件
systemctl status *.service #查询服务运行状态
systemctl --failed #显示启动失败的服务

注：*代表某个服务的名字，如http的服务名为httpd

生信分析人员如何系统入门linux？

pwd/ls/cd/mv/rm/cp/mkdir/rmdir/man/locate/head/tail/less/more

cut/paste/join/sort/uniq/wc/cat/diff/cmp/alias

wget/ssh/scp/curl/ftp/lftp/mysql/

软硬链接区别

文本编辑，文件权限设置

打包压缩解压操作(tar/gzip/bzip/ x-j x-c vf)

软件的快捷方式如何实现？

软件如何安装(源码软件，二进制可执行软件，perl/R/python/java软件)

软件版本如何管理，各种编程语言环境如何管理，模块如何管理？(尤其是大部分没有root权限)

二是shell脚本，类似于windows的bat批处理文件

三是高级运维技巧

比如，这次我就需要用broadinstitute的一个软件：Mutsig，找cancer driver gene的，http://www.broadinstitute.org/cancer/cga/mutsig_run，但是我看了说明才发现，它是用matlab写的，所以我要想在我的服务器用，就必须按照安装matlab运行环境，在官网可以下载：http://www.mathworks.com/products/compiler/mcr/

我这里选择的是R2013a (8.1)，下载之后解压是这样的，压缩包约四百多M

然后直接在解压后的目录里面运行那个install即可，然后如果你的linux可以传送图像，那么就会想安装windows软件一样方便！如果你的linux是纯粹的命令行，那么，就需要一步步的命令行交互，选择安装地址，等等来安装了。

记住你安装之后，会显示一些环境变量给你，请千万要记住，然后自己去修改自己的环境变量，如果你忘记了，就需要搜索来解决环境变量的问题啦！安装之后是这样的：

请记住你的安装目录，以后你运行其它matlab相关的程序，都需要把这个安装目录，当做一个参数传给你的其它程序的！！！

如果你没有设置环境变量，就会出各种各样的错误，用下面这个脚本可以设置

其中MCRROOT一般是$path/biosoft/matlab_running/v81/ 这样的东西，请务必注意，LD_LIBRARY_PATH非常重要，非常重要，非常重要！！！！

MCRROOT=$1
echo ---
LD_LIBRARY_PATH=.:${MCRROOT}/runtime/glnxa64 ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRROOT}/bin/glnxa64 ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRROOT}/sys/os/glnxa64;
MCRJRE=${MCRROOT}/sys/java/jre/glnxa64/jre/lib/amd64 ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE}/native_threads ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE}/server ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE}/client ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE} ;
XAPPLRESDIR=${MCRROOT}/X11/app-defaults ;
export LD_LIBRARY_PATH;
export XAPPLRESDIR;
echo LD_LIBRARY_PATH is ${LD_LIBRARY_PATH};

如果你没有设置正确，那么会报一下的错误！

error while loading shared libraries: libmwmclmcrrt.so.8.1: cannot o pen shared object file: No such file or directory

error while loading shared libraries: libmwlaunchermain.so: cannot o pen shared object file: No such file or directory

等等！！！

思索、感悟、践行！走向高效，快乐，平衡！

http://www.cnblogs.com/peida/tag/%E6%AF%8F%E6%97%A5%E4%B8%80linux%E5%91%BD%E4%BB%A4/default.html?page=1

已下目录是本人用爬虫爬取的！

每天一个linux命令（61）：wget命令

每天一个linux命令（60）：scp命令

每天一个linux命令（59）：rcp命令

每天一个linux命令（58）：telnet命令

每天一个linux命令（57）：ss命令

每天一个linux命令（56）：netstat命令

每天一个linux命令（55）：traceroute命令

每天一个linux命令（54）：ping命令

每天一个linux命令（53）：route命令

每天一个linux命令（52）：ifconfig命令

每天一个linux命令（51）：lsof命令

每天一个linux命令（50）：crontab命令

每天一个linux命令（49）：at命令

每天一个linux命令（48）：watch命令

每天一个linux命令（47）：iostat命令

每天一个linux命令（46）：vmstat命令

每天一个linux命令（45）：free 命令

每天一个linux命令（44）：top命令

每天一个linux命令（43）：killall命令

每天一个linux命令（42）：kill命令

每天一个linux命令（41）：ps命令

每天一个linux命令（40）：wc命令

每天一个linux命令（39）：grep 命令

每天一个linux命令（38）：cal 命令

每天一个linux命令（37）：date命令

每天一个linux命令（36）：diff 命令

每天一个linux命令（35）：ln 命令

每天一个linux命令（34）：du 命令

每天一个linux命令（33）：df 命令

每天一个linux命令（32）：gzip命令

每天一个linux命令（31）: /etc/group文件详解

每天一个linux命令（30）: chown命令

每天一个linux命令（29）:chgrp命令

每天一个linux命令（28）：tar命令

每天一个linux命令（27）：linux chmod命令

每天一个linux命令（26）：用SecureCRT来上传和下载文件

每天一个linux命令(25)：linux文件属性详解

每天一个linux命令(24)：Linux文件类型与扩展名

每天一个linux命令（23）：Linux 目录结构

每天一个linux命令（22）：find 命令的参数详解

每天一个linux命令（21）：find命令之xargs

每天一个linux命令（20）：find命令之exec

每天一个linux命令（19）：find 命令概览

每天一个linux命令（18）：locate 命令

每天一个linux命令（17）：whereis 命令

每天一个linux命令（16）：which命令

每天一个linux命令（15）：tail 命令

每天一个linux命令（14）：head 命令

每天一个linux命令（13）：less 命令

每天一个linux命令(12)：more命令

每天一个linux命令(11)：nl命令

每天一个linux命令（10）：cat 命令

每天一个linux命令（9）：touch 命令

每天一个linux命令（8）：cp 命令

每天一个linux命令（7）：mv命令

每天一个linux命令（6）：rmdir 命令

每天一个linux命令（5）：rm 命令

每天一个linux命令（4）：mkdir命令

每天一个linux命令（3）：pwd命令

每天一个linux命令(2)：cd命令

每天一个linux命令(1)：ls命令

参考 http://jingyan.baidu.com/article/ae97a646ce37c2bbfd461d01.html

步骤如下：

1、登陆到wp后台，鼠标移动到左侧菜单的“插件”链接上，会弹出子菜单，点击子菜单的“安装插件”链接

2、WP-PostViews插件显示wordpress文章点击浏览量

在“安装插件”链接页面的搜索框中输入“WP-PostViews”，然后回车

3、WP-PostViews插件显示wordpress文章点击浏览量

在搜索结果页面点击“WP-PostViews”插件内容区域的“现在安装”按钮

4、WP-PostViews插件显示wordpress文章点击浏览量

程序自动下载插件到服务器并解压安装，一直等到安装成功信息出现，然后在安装成功提示页面点击“启动插件”链接。

5、WP-PostViews插件显示wordpress文章点击浏览量

页面会自动跳转到“已安装插件”页面，在已安装插件列表中我们可以看到“Form Manager”插件已经处于启用状态（插件名下是“停用”链接）。

有了这个插件之后，我们的整个网页环境里面就多了一个 the_views()函数，它统计着每个文章的点击数，这样我们之前的网页就能显示点击数了。

这个是我现在用的主题的php代码，把文章用span标记隔开了，而且显示着上面php代码里面的每一个内容包括日期，分类，标签，评论等等

其中thez-view()这个函数返回的不仅仅是一个访客数，但是我的文章的访客都太少了，所以我写了一个脚本帮我刷一刷流量。

[perl]

use List::MoreUtils qw(uniq);

$page='http://www.bio-info-trainee.com/?paged=';

foreach (1..5){   #我的文章比较少，就42个，所以只有5个页面

$url_page=$page.$_;

$tmp=`curl $url_page`;

#@p=$tmp=~/p=(\d+)/;

$tmp =~ s/(p=\d+)/push @p, $1/eg; #寻找p=数字这样的标签组合成新的网页地址

}

@p=uniq @p;

print "$_\n" foreach @p; #可以找到所有42个网页的地址

foreach (@p){

$new_url='http://www.bio-info-trainee.com/?'.$_;

`curl $new_url` foreach (1..100); #每个网页刷一百次

}

[/perl]

大家可以看到这个网页被刷的过程，从15到21到27直到100

大家现在再去看我的网页，就每个文章都有一百的访问量啦！

http://www.bio-info-trainee.com/

一般我们讲服务器，大多是linux系统，而我这里所讲的linux系统呢，特指ubuntu，其余的我懒得管了，大家也不要耗费无谓的时间纠结那些名词的不同！

登录到服务器有两种方法，一种是ssh，传输你的命令给服务器执行，另一种是ftp，和服务器交换文件。而ssh我们通常用putty，xshell等等。ftp呢，我们可以用winscp，xshell，所以我一直都用xshell，因为它两者都能搞定！

Xshell软件自行搜索下载，打开之后新建一个连接，然后登陆即可。

然后输入以下命令，可以查看服务器配置，包括cpu。内存，还有硬盘

cat /proc/cpuinfo |grep pro|wc -l

free -g

df -h

这个服务器配置好一点，有80个cpu，内存256G，硬盘有2个11T的，是比较成熟的配置。

这个是一个小型服务器。也就24个核，64G的内存，但是存储量有点小呀，其实可以随便花几百块钱买个1T的硬盘挂载上去的。

然后linux的其它命令大家就得自己去搜索一个个使用，然后熟悉，记牢，然后创新啦！

我随便敲几个我常用的吧： ls cd mkdir rm cp cat head tail more less diff grep awk sed grep perl 等等！

呀，突然间发现我才介绍了ssh的方法登陆服务器并且发送命令在服务器上面运行，下面贴图如何传输文件。一般xshell的菜单里面有绿的文件夹形式的标签就是打开ftp文件传输，这种可视化的软件，大家慢慢摸索吧！

for i in *sra

do

echo $i

/home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 $i

Done

这个脚本是把当前目录下所有的NCBI下载的sra文件都加压开来成测序fastq格式文件

有这些数据，分布在不同的目录，如果是写命令一个个文件处理，很麻烦，如果有几百个那就更麻烦了，所以需要用shell脚本

这样只需要bash这个脚本即可一次性处理所有的数据

还有很多类似的脚本，非常简单的

for i in *fq

do

echo $i

bowtie2 -p 13 -x ../../RNA.fa -U $i -S  $i.sam

done

for i in */accepted_hits.bam

do

echo $i

out=`echo $i |cut -d'/' -f 1`_clout

samtools mpileup -guSDf  /home/immune/refer_genome/hg19/hg19.fa $i  | bcftools view -cvNg - >snp-vcf/$out.vcf

done

while read id

do

echo $id

out=`echo $id |cut -d'/' -f 2`

reads=`echo $id |cut -d'/' -f 3|sed 's/\r//g'`

tophat2 -p 13 -o $out /home/immune/refer_genome/hg19/hg19 $reads

done <$1

等等

我很伤心，不知道是不是我写的教程还是不够人性化，一个朋友在群里面问如何知道NAC基因家族在拟南芥里面的105个基因信息，我随便给他示范了一下在人类里面如何找，希望他能触类旁通，结果他不会linux，啥生信基础都没有，我只会诱导他简单学习一下，希望他至少明白什么的taxid。所以我给了他我之前写的教程，只希望他告诉我拟南芥的taxid我就帮他把那105个基因找出来。

http://www.bio-info-trainee.com/?p=84

结果好半天都不回信息了，我还以为他自己解决了，我礼貌性的再问一次，才知道他没看懂我的教程，我实在不明白，那么通俗的教程为嘛还是不能亲民呢？？？

拟南芥的拉丁名是Arabidopsis thaliana，在NCBI的Taxonomy里面搜索可以看到

然后点击进去

就简单的两个步骤呀，就可以看到taxid的呀！！！

然后我只需要简单一个命令就可以解决题目的问题了！

grep -w  NAC  gene_info |perl -alne '{print if $F[0] == 3702}'

其中gene_info在NCBI的ftp里面可以下载！！我前面也提到过，是所以物种的基因信息

我只需要查找基因名字是NAC的，然后物种代码是3702的就是他拟南芥的呀！！！

正好105个基因，达到了他的要求！！！