首先，我们要拿到Y染色体上面的基因的坐标信息！

因为我们的是hg19，所以我们要下载hg19的基因信息！

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/refGene.txt.gz

我们首先解析refGene文件，找到chrY的unique基因！

这四列分别是：chromosome/start/end/gene_symbol

4程序如下：

[perl]
open FH,"/home/jmzeng/hg19/chrY.gene.special.position" or die "file error !!!";
while(<FH>){
    chomp;
    @F=split;
    foreach ($F[1]..$F[2]){
        $h{$_}=$F[3];
    }
    $length{$F[3]}=$F[2]-$F[1]+1;
}
close FH;
open FH,$ARGV[0];
while(<FH>){
    chomp;
    @F=split;
    next unless $F[0] eq 'chrY';
    next if $F[2]<20;
    if (exists $h{$F[1]}){
        $count{$h{$F[1]}}++ ;
    }else{
        $count{'other'}++ ;
    }    
}
close FH;
print "$_\t$length{$_}\t$count{$_}\n" foreach sort keys %count;</pre>
</div>
<div>[/perl]

对一个男性样本，结果会如下：

gene/length/pos

对女性样本，结果会如下；

NLGN4Y	319396	575
PCDH11Y	105374	1643
PRKY	107577	82
TGIF2LY	958	191
TTTY14	205048	139
other		54297

从结果可以看出来，很多基因都是y染色体特有的，这个结果是表明我们的测序非常棒