在R里面操作SQLite

ulwvfje — Sun, 28 Feb 2016 03:20:53 +0000

我前面写到过如何把数据库写到mysql，但是发现其实msyql并不方便，需要连接数据库什么的，如果发布一个离线小网页，这时候sqlite的优点就显示出来了！

基础代码很简单：

library(RSQLite)

sqlite <- dbDriver("SQLite")

con <- dbConnect(sqlite,"hg19_bioconductor.sqlite") # makes a new file

suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

kegg2ID=toTable(org.Hs.egPATH)

#[1] "gene_id" "path_id"

dbWriteTable(con,'keggID2geneID',kegg2ID,row.name=F,overwrite=T)

具体代码，可以看我的github主页：https://github.com/jmzeng1314/my-R/blob/master/3-get-hg19-gene-mapping/get-hg19-gene-mapping-bioconductor.R

做出来的数据，如下，就是几个table存储在文件里面！

最后这些数据都保存在了当前工作目录下的hg19_bioconductor.sqlite文件里面！

在其它程序里面就可以直接调用这个文件，而不需要加载一大堆的包了！

library(KEGG.db)

library(GO.db)

library(org.Hs.eg.db )

很好用，跟mysql一样！

生信菜鸟团 » sqlite