生信菜鸟团 » rmarkdown http://www.bio-info-trainee.com 欢迎去论坛biotrainee.com留言参与讨论，或者关注同名微信公众号biotrainee Sat, 28 Jun 2025 14:30:13 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=4.1.33 我用rmarkdown写过的教程 http://www.bio-info-trainee.com/2372.html http://www.bio-info-trainee.com/2372.html#comments Wed, 15 Mar 2017 09:16:05 +0000 http://www.bio-info-trainee.com/?p=2372 Continue reading →]]> 用rmarkdown写教程真心非常方便，尤其是R语言相关的，比如一些R包的应用，或者一些可视化，或者一些统计，下面我简单列出一些我以前写过的，图文并茂，关键是还非常省心，不需要排版，不需要上传图片，整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了：

首先是几个R包的讲解：
http://www.bio-info-trainee.com/ ... software/limma.html
http://www.bio-info-trainee.com/ ... oftware/DESeq2.html
http://www.bio-info-trainee.com/ ... tware/GEOquery.html
http://www.bio-info-trainee.com/ ... are/limma_voom.html
当然，一些并不是bioconductor的包我也会写教程，偶尔：
http://www.bio-info-trainee.com/ ... oftware/GOplot.html
http://www.bio-info-trainee.com/ ... ftware/Rcircos.html

下面是一个统计学里面的逻辑分析的讲解

http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial_for_logical_analysis.html

下面是一个表达矩阵的15个常见的可视化图形的制作：

http://bio-info-trainee.com/tmp/basic_visualization_for_expression_matrix.html

用deconstructSigs来做cosmic的mutation signature图

http://biotrainee.com/jmzeng/markdown/deconstuctSigs.html

这个史上最全方差分析，不是我写的，但是写的很赞，我就不多此一举了：

http://biotrainee.com/jmzeng/markdown/ANOVA.html 推荐大家看看

标准的基因检测报告目录 http://www.biotrainee.com/jmzeng/blogMyGenome/name_introduction.html

下面是一堆高通量测序分析的结题报告：

简单 RNA-seq 项目结题报告

http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/Ref_RNAseq_result/index.html

16s rDNA 高变区测序项目结题报告

http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/16sRNA/index.html

示范宏基因组分析结题报告

http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/MetaGenome_result/index.html

示范细菌基因组分析结题报告

http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/Pacbio_Genome_result/index.html

示范小RNA 项目结题报告

http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/SmallRNA_result/index.html

示范 lncRNA 项目结题报告

http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/lncRNA_result/index.html

示范ChIP-Seq结题报告

http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/chip-report/index.html

示范转录组测序（De novo）项目结题报告

http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/Denovo_transcriptome/index.html

示范 WGCNA分析结题报告

http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/WGCNA_Traits_result/index.html

蛋白iTRAQ定量分析项目结题报告

http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/iTRAQ_Result/index.html

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