我批量下载了所有，但是想打印的时候，发现挺麻烦的，因为我不知道批量打印的方法，索性我还是半个程序猿，所以搜索了一下批量合并pdf的方法，这样就可以批量打印了，也方便传输这个文件。

其实如果在linux系统里面，一般都会自带pdf toolkit工具，里面有命令可以合并PDF文档。

正好我搜索到了一个比较好玩的实现方法，就是PHP脚本，我还是第一次听说PHP也可以来当做脚本运行，简单浏览了一下，发现跟perl其实差不多，它需要require一些其它public的php脚本，perl就是需要载入一些模块。

首先列出所有下载地址，用wget批量来下载：

http://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2016/05/base-r.pdf

http://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2016/02/advancedR.pdf

http://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf

https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2016/01/rstudio-IDE-cheatsheet.pdf

https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/02/data-wrangling-cheatsheet.pdf

https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/02/rmarkdown-cheatsheet.pdf

https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/ggplot2-cheatsheet.pdf

https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/06/devtools-cheatsheet.pdf

https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/02/shiny-cheatsheet.pdf

然后写一个PHP函数，get到待合并目录下面的所有pdf文件：

<?php

$dir="./Rstudio_cheatsheets/";

$file=array_diff(scandir($dir),array('..','.'));

print_r($file);

?>

上面的代码相当于简单的PHP语法入门，其实这个语言感觉跟perl挺像的，就是列出文件夹里面的文件。

然后需要下载两个PHP压缩包，解压到当前文件夹

FPDF: http://www.fpdf.org/en/download.php

FPDI: https://www.setasign.com/products/fpdi/downloads

然后写一个脚本来实现合并的功能。

这个语法对我来说很诡异，最后居然还报错！！！

PHP Fatal error:  Uncaught exception 'Exception' with message 'This document (/home/jmzeng/tmp/test_php/Rstudio_cheatsheets/advancedR.pdf) probably uses a compression technique which is not supported by the free parser shipped with FPDI. (See https://www.setasign.com/fpdi-pdf-parser for more details)' in /home/jmzeng/tmp/test_php/pdf_parser.php:322

Stack trace:

#0 /home/jmzeng/tmp/test_php/pdf_parser.php(195): pdf_parser->_readXref(Array, 116)

#1 /home/jmzeng/tmp/test_php/fpdi_pdf_parser.php(64): pdf_parser->__construct('/home/jmzeng/tm...')

#2 /home/jmzeng/tmp/test_php/fpdi.php(123): fpdi_pdf_parser->__construct('/home/jmzeng/tm...')

#3 /home/jmzeng/tmp/test_php/fpdi.php(101): FPDI->_getPdfParser('/home/jmzeng/tm...')

#4 /home/jmzeng/tmp/test_php/merge_pdf.php(11): FPDI->setSourceFile('advancedR.pdf')

#5 {main}

thrown in /home/jmzeng/tmp/test_php/pdf_parser.php on line 322

简单看了下报错内容，估计是PDF这个技术更新的太快了，R studio公司的 cheatsheet 用的PDF标准不被PHP的那两个模块支持！

后来我直接用了pdfjoin Rstudio_cheatsheets/*pdf   这个命令，简单粗暴，一下子就搞定了！

----

  pdfjam: This is pdfjam version 2.08.

pdfjam: Reading any site-wide or user-specific defaults...

(none found)

pdfjam: Effective call for this run of pdfjam:

/usr/bin/pdfjam --fitpaper 'true' --rotateoversize 'true' --suffix joined -- Rstudio_cheatsheets/advancedR.pdf - Rstudio_cheatsheets/base-r.pdf - Rstudio_cheatsheets/data-wrangling-cheatsheet.pdf - Rstudio_cheatsheets/devtools-cheatsheet.pdf - Rstudio_cheatsheets/ggplot2-cheatsheet.pdf - Rstudio_cheatsheets/rmarkdown-cheatsheet.pdf - Rstudio_cheatsheets/rmarkdown-reference.pdf - Rstudio_cheatsheets/rstudio-IDE-cheatsheet.pdf - Rstudio_cheatsheets/shiny-cheatsheet.pdf -

pdfjam: Calling pdflatex...

  pdfjam: Finished.  Output was to '/home/jmzeng/tmp/test_php/shiny-cheatsheet-joined.pdf'.

但是，格式不怎么正常， 我最后还是推荐用一个网页工具，你直接上传你的PDF，人家马上就给你合并好了，你直接下载即可。

这种技术，玩玩就好，不要深究。

以及对这些简单变量的操作函数

上下文环境

内建变量

读写文件，脚本实战！

perl 单行命令

预定义函数

系统操作相关

一些高级技巧

如果你感觉学的差不多了，就可以下载一些复习资料，查漏补缺:

非常好用，建议大家写程序都可以加上这个！

print "\nChecking Java version...\n\n";

my $ret = `java -version 2>&1`;

print "$ret\n";

if (index($ret, '1.6') == -1) {

    printf "Warning: The tool Trinity of the Broad Institute may require Java 1.6.\n\n";

}

print "\nChecking SAMtools...\n\n";

$ret = `which samtools 2>&1`;

if (index($ret, 'no samtools') == -1) {

    printf "%-30s\tOK\n\n", 'SAMtools';

}else{

    printf "%-30s\tnot found\n\n", 'SAMtools';

}

my @required_modules = ("Bio::DB::Sam",

                        "Bio::DB::Sam::Constants",

                        "Bio::SeqIO",

                        "Bio::SearchIO",

                        "Carp",

                        "Config::General",

                        "Cwd",

                        "Data::Dumper",

                        "English",

                        "File::Basename",

                        "File::Copy",

                        "File::Path",

                        "File::Spec",

                        "File::Temp",

                        "FindBin",

                        "Getopt::Std",

                        "Getopt::Long",

                        "IO::Handle",

                        "List::MoreUtils",

                        "Pod::Usage",

                        "threads");

print "\nChecking CPAN modules required by VirusFinder...\n\n";

my $count = 0;

for my $module (@required_modules){

eval("use $module");

if ($@) {

printf "%-30s\tFailed\n", $module;

                $count++;

}

else {

printf "%-30s\tOK\n",     $module;

}

}

if ($count==1){

print "\n\nOne module may not be installed properly.\n\n";

}elsif ($count > 1){

print "\n\n$count modules may not be installed properly.\n\n";

}else{

print "\n\nAll CPAN modules checked!\n\n";

}

下载之后解压，进入：

 $ perl Makefile.PL --bootstrap=~/.perl  ##这里设置你想把模块放置的目录
 $ make test && make install
 $ echo 'eval $(perl -I$HOME/.perl/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/.perl)' >> ~/.bashrc

等待几个小时即可！！！

添加好环境变量之后，就可以用

其实你也可以直接打开 ~/.bashrc，然后写入下面的内容

PERL5LIB=$PERL5LIB:/PATH_WHERE_YOU_PUT_THE_PACKAGE/source/bin/perl_module; export PERL5LIB

可以把perl模块安装在任何地方，然后通过这种方式去把模块加载到你的perl程序！

也会继续学习，以前写过不少perl模块的博客，发现有点乱，正好最近看到了关于local::lib这个模块。

居然是用来解决没有root权限的用户安装，perl模块问题的！

首先说一下，如果是root用户，模块其实没有问题，直接用cpan下载器，几乎能解决所有的模块下载安装问题！

但是如果是非root用户，那么就麻烦了，很难用自动的cpan下载器，这样只能下载模块源码，然后编译，但是编译有个问题，很多模块居然是依赖于其它模块的，你的不停地下载其它依赖模块，最后才能解决，特别麻烦

但是，只需要运行下面的代码：

wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::lib
eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`
echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.profile
echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.profile

就能拥有一个私人的cpan下载器，~/.profile可能需要更改为.bash_profile, .bashrc, etc等等，取决于你的linux系统！


然后你直接运行cpanm Module::Name，就跟root用户一样的可以下载模块啦！


或者用下面的方式在shell里面安装模块，其中ext是模块的安装目录，可以修改

 perl -MTime::HiRes -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Time::HiRes;
perl -MFile::Path -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext File::Path;
perl -MFile::Basename -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext File::Basename;
perl -MFile::Copy -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext File::Copy;
perl -MIO::Handle -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext IO::Handle;
perl -MYAML::XS -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext YAML::XS;
perl -MYAML -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext YAML;
perl -MXML::Simple -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext XML::Simple;
perl -MStorable -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Storable;
perl -MStatistics::Descriptive -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Statistics::Descriptive;
perl -MTie::IxHash -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Tie::IxHash;
perl -MAlgorithm::Combinatorics -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Algorithm::Combinatorics;
perl -MDevel::Size -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Devel::Size;
perl -MSort::Key::Radix -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Sort::Key::Radix;
perl -MSort::Key -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Sort::Key;
perl -MBit::Vector -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Bit::Vector;
perl -M"feature 'switch'" -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext feature;

下面是解释为什么这样可以解决问题！！！

eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`

echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.profile

echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.profile

PDF::API2模块使用笔记

一：简单使用方法

use PDF::API2;

实例：

use PDF::API2;

$pdf=PDF::API2->new;

$pdf->mediabox('A4');

$ft=$pdf->cjkfont('Song');

$page = $pdf->page;

$gfx=$page->gfx;

$gfx->textlabel(50,750,$ft,20,"\x{Cool44}\x{4EA7}"); # 资产二字

$pdf->saveas('Song_Test.pdf');

二：主要对象及方法

1、pdf对象可以创造，可以打开，可以保存，可以更新，还有一堆参数可以设置

$pdf->preferences(%options)还可以设置一些浏览参数，不过本来pdf阅读器可以设置，没必要在这里花时间。

这个可以当做是个人创建pdf的保密信息，也许有一点用吧。

还可以可以设置页脚$pdf->pageLabel($index, $options

2、Page对象，可以新建，可以打开，可以保存（需要指定保存的位置）

$page = $pdf->page()

$page = $pdf->page($page_number)

$page = $pdf->openpage($page_number);

还可以更新旧的pdf，这样可以循环获取pdf页面不停的累积到一个新的pdf

$page = $pdf->import_page($source_pdf, $source_page_number, $target_page_number)

$pdf = PDF::API2->new();

$old = PDF::API2->open('our/old.pdf');   # Add page 2 from the old PDF as page 1 of the new PDF

$page = $pdf->import_page($old, 2);

$pdf->saveas('our/new.pdf');If $source_page_number is 0 or -1, it will return the last page in the document.

$count = $pdf->pages()Returns the number of pages in the document.

这样就可以写一个简单程序把我们的pdf文件合并

use PDF::API2;

my $new = PDF::API2->new;

foreach my $filename (@ARGV) {   my $pdf = PDF::API2->open($filename);   $new->importpage($pdf, $_) foreach 1 .. $pdf->pages;}$new->saveas('new.pdf'); $pdf->mediabox($name)

可以指定A4，A3，A5等等$pdf->mediabox($w, $h)可以指定宽度和高度$pdf->mediabox($llx, $lly, $urx, $ury)

3，还可以随意画点线面及表格，太复杂了就不看了

以下是我参考Spreadsheet::ParseExcel这个模块写的一个把excel表格转为csv的小程序，大家也可以自己搜索该模块的说明文档，这样学的更快一点！

[perl]

#!/usr/bin/perl -w
# For each tab (worksheet) in a file (workbook),
# spit out columns separated by ",",
# and rows separated by c/r.

use Spreadsheet::ParseExcel;
use strict;
use utf8;
use Encode::Locale qw($ENCODING_LOCALE_FS);
use Encode;

my $filename ="test.xls";#输入需要解析的excel文件名，必须是03版本的
my $e = new Spreadsheet::ParseExcel; #新建一个excel表格操作器
my $eBook = $e->Parse($filename);    #用表格操作器来解析我们的文件
my $sheets = $eBook->{SheetCount};   #得到该文件中sheet总数
my ($eSheet, $sheetName);

foreach my $sheet (0 .. $sheets - 1) {
$eSheet = $eBook->{Worksheet}[$sheet];
$sheetName = $eSheet->{Name};
my $f1 = encode(locale_fs => $sheetName); #每次操作中文我都很纠结，还得各种转码
open FH_out ,">$f1.csv" or die "error open ";
next unless (exists ($eSheet->{MaxRow}) and (exists ($eSheet->{MaxCol})));
foreach my $row ($eSheet->{MinRow} .. $eSheet->{MaxRow}) {
foreach my $column ($eSheet->{MinCol} .. $eSheet->{MaxCol}) {
if (defined $eSheet->{Cells}[$row][$column])
{
print FH_out $eSheet->{Cells}[$row][$column]->Value . ",";
} else {
print FH_out ",";
}
}
print FH_out "\n";
}
close FH_out;

}
exit;

[/perl]

前提是要有root权限，否则只能自己下载perl模块自己解压安装了。

首次使用需要perl -MCPAN -e shell

以后只需要cpan即可

安装只有两个步骤，查询或者安装

查询：cpan[1]> d /模块名字或者部分名字/

查询结果中会给出所有含有模块名字或者部分名字的模块，选择您所需要的模块进行下载

下载安装：cpan[1]>  install  模块名字

install LWP  同时会自动安装很多依赖的模块，非常方便。

或者查找bioperl模块

install   CJFIELDS/Bundle-BioPerl-2.1.9.tar.gz

再输入上面这个命令，就可以安装啦

Running make install

Installing /usr/local/share/perl/5.18.2/Bundle/BioPerl.pm

Installing /usr/local/man/man3/Bundle::BioPerl.3pm

Appending installation info to /usr/local/lib/perl/5.18.2/perllocal.pod

CJFIELDS/Bundle-BioPerl-2.1.9.tar.gz

/usr/bin/make install  -- OK

之前运行Trinity是会报错的，说缺少一个模块，现在就可以用了

但是如果把Trinity那个程序拷贝到其它目录，还是会报错

Can't locate COMMON.pm in @INC (you may need to install the COMMON module) (@INC contains: /usr/local/bin/PerlLib /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.18.2 /usr/local/share/perl/5.18.2 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.18 /usr/share/perl/5.18 /usr/local/lib/site_perl .) at /usr/local/bin/Trinity line 14.

BEGIN failed--compilation aborted at /usr/local/bin/Trinity line 14.

因为Trinity这个软件本身放了几个perl模块在它自己的目录下面，不能把它们分开！