下载安装该软件：  wget https://codeload.github.com/TransDecoder/TransDecoder/tar.gz/2.0.1

解压进入该目录，查看里面的文件

make一下就可以用了，看起来好像是依赖于perl模块的

这个TransDecoder.LongOrfs就是我们这次需要的程序，查看该程序，的确真是一个perl程序，看来perl还是蛮有用的。

二：准备数据

它里面有个测试数据，是比较全面的，也比较复杂，我就不贴出来了，反正我是那trinity组装好的fasta格式的转录组数据来预测ORF的。

三：运行命令

它给的测试命令也很复杂

## generate alignment gff3 formatted output

../util/cufflinks_gtf_to_alignment_gff3.pl transcripts.gtf > transcripts.gff3

## generate transcripts fasta file

../util/cufflinks_gtf_genome_to_cdna_fasta.pl transcripts.gtf test.genome.fasta > transcripts.fasta 

## Extract the long ORFs

../TransDecoder.LongOrfs -t transcripts.fasta

当然我们只需要看最后一步，这是重点

我这里是直接对我们的trinity组装好的转录本进行预测ORF

/home/jmzeng/bio-soft/TransDecoder/TransDecoder.LongOrfs  -t Trinity.fasta

命令很简单

输出来的文件就有预测的蛋白文件，这个文件是trinotate对转录本进行注释所必须的文件

四：输出文件解读

longest_orfs.cds  这个是预测到的cds碱基序列，

longest_orfs.gff3  这个是预测得到的gff文件

longest_orfs.pep   这个就是预测得到的蛋白文件