很老的比对软件maq

ulwvfje — Thu, 05 May 2016 12:16:38 +0000

MAQ在2008年还是蛮火的，但是现在基本都是BWA和bowtie的天下了。

就当怀念一下它吧，给它写一个教程！

软件下载：

官网直接找到：http://maq.sourceforge.net/

我是linux系统，用wget下载：wget https://sourceforge.net/projects/maq/files/maq/0.7.1/maq-0.7.1.tar.bz2

解压，很容易观察到是C++源码，所以用源码安装三部曲来安装

tar jxvf software.tar.bz2

cd software

./configure --prefix=$path

make

make test

安装之后把该软件添加到环境变量！

输入数据：

这里选择两个网络上的测试数据:

如果是真想用这个软件的话，需要参考基因组和测序数据，这个链接貌似已经年久失修啦~！

wget http://biocluster.ucr.edu/~tbackman/genome.fasta

# download a test reference genome (TAIR9 Chromosome 1) wget http://biocluster.ucr.edu/~tbackman/query.fastq

# download some test Illumina reads from Arabidopsis

运行命令：

maq # inspect command line options
maq fasta2bfa genome.fasta genome.bfa
# create binary of reference genome
maq fastq2bfq query.fastq readBinary.bfq
# create a binary of dataset
maq match out.map genome.bfa readBinary.bfq
# align query to genome and store output

结果解读：

我在想，这个MAQ软件发明之前，好像还没有SAM文件格式的定义，那么它的结果out.map肯定不是sam格式的。

哈哈，这个软件我无法安装，换了好几系统也没成功，如果是太老了，很多库文件却是。

我也懒得去解决了。

这种报错，对我这样的非计算机专业来说，简直是天书！

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