文件来自于：下载最新版的KEGG信息，并且解析好，如下：

首先在R里面赋值一个变量path2gene_file就是图中的kegg2gene.txt文件，读到R里面去

tmp=read.table(path2gene_file,sep="\t",colClasses=c('character'))

#tmp=toTable(org.Hs.egPATH)

# first column is kegg ID, second column is entrez ID

GeneID2kegg_list<<- tapply(tmp[,1],as.factor(tmp[,2]),function(x) x)

kegg2GeneID_list<<- tapply(tmp[,2],as.factor(tmp[,1]),function(x) x)

这个变量kegg2GeneID_list是一个list，因为是entrez gene ID，需要转换成symbol，我就不多说了，转换后的数据，就是kegg2symbol_list 。

最后对 kegg2symbol_list 输出成gmt文件：

write.gmt <- function(geneSet=kegg2symbol_list,gmt_file='kegg2symbol.gmt'){

sink( gmt_file )

for (i in 1:length(geneSet)){

cat(names(geneSet)[i])

cat('\tNA\t')

cat(paste(geneSet[[i]],collapse = '\t'))

cat('\n')

}

sink()

}