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	<title>生信菜鸟团 &#187; gene</title>
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		<title>查某个基因家族在某物种的具体信息</title>
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		<pubDate>Wed, 18 Mar 2015 14:00:26 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[linux]]></category>
		<category><![CDATA[基础数据库]]></category>
		<category><![CDATA[gene]]></category>
		<category><![CDATA[ncbi]]></category>
		<category><![CDATA[taxid]]></category>

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		<description><![CDATA[查某个基因家族在某物种的具体信息 我很伤心，不知道是不是我写的教程还是不够人性化 &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/332.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: center;"><b>查某个基因家族在某物种的具体信息</b></p>
<p>我很伤心，不知道是不是我写的教程还是不够人性化，一个朋友在群里面问如何知道NAC基因家族在拟南芥里面的105个基因信息，我随便给他示范了一下在人类里面如何找，希望他能触类旁通，结果他不会linux，啥生信基础都没有，我只会诱导他简单学习一下，希望他至少明白什么的taxid。所以我给了他我之前写的教程，只希望他告诉我拟南芥的taxid我就帮他把那105个基因找出来。<span id="more-332"></span></p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/?p=84">http://www.bio-info-trainee.com/?p=84</a></p>
<p>结果好半天都不回信息了，我还以为他自己解决了，我礼貌性的再问一次，才知道他没看懂我的教程，我实在不明白，那么通俗的教程为嘛还是不能亲民呢？？？</p>
<p>拟南芥的拉丁名是Arabidopsis thaliana，在NCBI的Taxonomy里面搜索可以看到</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/查某个基因家族在某物种的具体信息582.png"><img class="alignnone size-full wp-image-333" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/查某个基因家族在某物种的具体信息582.png" alt="查某个基因家族在某物种的具体信息582" width="627" height="259" /></a></p>
<p>然后点击进去</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/查某个基因家族在某物种的具体信息757.png"><img class="alignnone size-full wp-image-334" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/查某个基因家族在某物种的具体信息757.png" alt="查某个基因家族在某物种的具体信息757" width="553" height="486" /></a></p>
<p>就简单的两个步骤呀，就可以看到taxid的呀！！！</p>
<p>然后我只需要简单一个命令就可以解决题目的问题了！</p>
<p>grep -w  NAC  gene_info |perl -alne '{print if $F[0] == 3702}'</p>
<p>其中gene_info在NCBI的ftp里面可以下载！！我前面也提到过，是所以物种的基因信息</p>
<p>我只需要查找基因名字是NAC的，然后物种代码是3702的就是他拟南芥的呀！！！</p>
<p>正好105个基因，达到了他的要求！！！</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/查某个基因家族在某物种的具体信息930.png"><img class="alignnone size-full wp-image-335" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/查某个基因家族在某物种的具体信息930.png" alt="查某个基因家族在某物种的具体信息930" width="249" height="524" /></a></p>
<p>&nbsp;</p>
<p>&nbsp;</p>
]]></content:encoded>
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