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	<title>生信菜鸟团 &#187; entrez</title>
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		<title>与hg19的突变相关的一些数据解释。</title>
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		<comments>http://www.bio-info-trainee.com/448.html#comments</comments>
		<pubDate>Mon, 23 Mar 2015 13:29:13 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[基础数据库]]></category>
		<category><![CDATA[基础数据格式]]></category>
		<category><![CDATA[ENSEMBL]]></category>
		<category><![CDATA[entrez]]></category>
		<category><![CDATA[snp]]></category>

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		<description><![CDATA[http://statgenpro.psychiatry.hku.hk/limx &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/448.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p><a href="http://statgenpro.psychiatry.hku.hk/limx/kggseq/download/resources/">http://statgenpro.psychiatry.hku.hk/limx/kggseq/download/resources/</a></p>
<p>这个网站收集了大部分资料，我们就用它的，如果它倒闭了，大家再想办法去搜索吧。</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/与hg19的突变相关的一些数据解释210.png"><img class="alignnone size-full wp-image-449" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/与hg19的突变相关的一些数据解释210.png" alt="与hg19的突变相关的一些数据解释210" width="394" height="112" /></a></p>
<p>其实这些文件都是基于NCBI以及UCSC和ensembl数据库的文件用一些脚本转换而来的，都是非常简单的脚本。</p>
<p>首先我们看看humandb/hg19_refGene.txt 这个文件，总共2.5万多个基因的共5万多个转录本。</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/与hg19的突变相关的一些数据解释325.png"><img class="alignnone size-full wp-image-450" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/与hg19的突变相关的一些数据解释325.png" alt="与hg19的突变相关的一些数据解释325" width="554" height="105" /></a></p>
<p>19     可能是entrez ID，但是又不像。</p>
<p>NM_001291929    参考基因名</p>
<p>chr11   染色体</p>
<p>-</p>
<p>89057521</p>
<p>89223909</p>
<p>89059923</p>
<p>89223852</p>
<p>17      89057521,89069012,89070614,89073230,89075241,89088129,89106599,89133184,89133382,89135493,89155069,89165951,89173855,89177302,89182607,89184952,89223774,       89060044,89069113,89070683,89073339,89075361,89088211,89106660,89133247,89133547,89135710,89155150,89166024,89173883,89177400,89182692,89185063,89223909,</p>
<p>0</p>
<p>NOX4    基因的英文简称，通俗名</p>
<p>cmpl</p>
<p>cmpl</p>
<p>2,0,0,2,2,1,0,0,0,2,2,1,0,1,0,0,0,</p>
<p>然后我们看看hg19_snp141.txt这个文件</p>
<p>1       10229   A       -       .</p>
<p>1       10229   AACCCCTAACCCTAACCCTAAACCCTA     -       .</p>
<p>1       10231   C       A       .</p>
<p>1       10231   C       -       .</p>
<p>1       10234   C       T       .</p>
<p>1       10248   A       T       .</p>
<p>1       10250   A       C       .</p>
<p>1       10250   AC      -       .</p>
<p>1       10255   A       -       .</p>
<p>1       10257   A       C       .</p>
<p>1       10259   C       A       .</p>
<p>1       10291   C       T       .</p>
<p>1       10327   T       C       .</p>
<p>1       10329   ACCCCTAACCCTAACCCTAACCCT        -       .</p>
<p>1       10330   C       -       .</p>
<p>1       10390   C       -       .</p>
<p>1       10440   C       A       .</p>
<p>1       10440   C       -       .</p>
<p>1       10469   C       G       .</p>
<p>1       10492   C       T       .</p>
<p>1       10493   C       A       .</p>
<p>1       10519   G       C       .</p>
<p>1       10583   G       A       0.144169</p>
<p>1       10603   G       A       .</p>
<p>1       10611   C       G       0.0188246</p>
<p>1       10617   CGCCGTTGCAAAGGCGCGCCG   -</p>
<p>里面记录了以hg19为参考的所有的snp位点。</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>585</p>
<p>ENST00000518655 基因的ensembl ID号</p>
<p>chr1 + 11873 14409 14409 14409</p>
<p>4 基因有四个外显子</p>
<p>11873,12594,13402,13660, 12227,12721,13655,14409, 在基因的四个外显子的坐标</p>
<p>0</p>
<p>DDX11L1 基因的通俗英文名</p>
<p>none none -1,-1,-1,-1,</p>
<p>CTTGCCGTCAGCCTTTTCTTT·····gene的核苷酸序列</p>
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