deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化

ulwvfje — Thu, 15 Dec 2016 11:20:00 +0000

有很多读者来信，CHIP-seq数据比对后的bam文件如果根据基因组的所有基因来画热图，profile图呢？

这里隆重推荐deeptools这个软件：

第一个功能，把bam文件转换为bw格式文件：

bamCoverage -b tmp.sorted.bam -o tmp.bw

里面有一个参数非常重要，就是--extendReads 在 macs软件里面也有，macs2 pileup --extsize 200 ，就算是你的reads长度可能不一致，是否需要把它们补齐成一个统一的长度，因为我们只要是测到了reads，就代表那里是有signal的，只是因为我们的测序仪限制，测到的长度不够，或者质量不好，我们QC的时候，把前后碱基给trim掉了。还可以安装基因组的有效大小来对测序深度进行normlization。

第二个功能，画所有基因附近的信号热图，tools: computeMatrix, then plotHeatmap

http://deeptools.readthedocs.io/en/latest/content/example_step_by_step.html#heatmaps-and-summary-plots

需要自行下载合适的基因坐标记录文件，BED格式的。把上面两个命令结合起来即可，代码和图形实例如下:

第3个功能，画profile的图！

use computeMatrix for all of the signal files (bigWig format) at once

use plotProfile on the resulting file

还有很多小功能，欢迎大家去探索，这个软件是python软件，安装非常简单：

## Download and install deepTools

## https://github.com/fidelram/deepTools

## http://deeptools.readthedocs.io/en/latest/content/example_usage.html

pip install pyBigWig --user

cd ~/biosoft

mkdir deepTools && cd deepTools

git clone https://github.com/fidelram/deepTools ## 130M,

cd deepTools

python setup.py install --user

## 17 tools in ~/.local/bin/

~/.local/bin/deeptools

安装之后，很多小工具都放到了~/.local/bin/目录：

如果你有大批量的bam文件，需要批量做，用下面的脚本啦：

ls ../bamFiles/*bam |while read id

do

file=$(basename $id )

sample=${file%%.*}

echo $sample

bamCoverage -b $id -o $sample.bw

computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -b 10000 -a 10000 -R ~/annotation/CHIPseq/mm10/ucsc.refseq.bed -S $sample.bw --skipZeros -o matrix1_${sample}_TSS.gz --outFileSortedRegions regions1_${sample}_genes.bed

plotHeatmap -m matrix1_${sample}_TSS.gz -out ${sample}.png

done

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