人的CD分子基因信息简介！

ulwvfje — Thu, 30 Apr 2015 16:25:48 +0000

CD分子吧,它是Clusters of Differentiation的简写,是指一组分化抗原的家族,目前该家族已经有CD1——CD350甚至更多的成员.他们分布于T细胞等免疫细胞表面,参与免疫细胞各种表达,其中有整合素、受体、配体等蛋白分子,在免疫应答反应中参与识别、粘附和信号转导等功能.

我这里简单讲讲如何整理它们的基因信息，首先从NCBI里面下载的人的gene_info文件，然后通过脚本来查找CD分子信息。

perl -alne '{if (/\tCD\d+/ or /CD\d+\|/ ) {print}}' human_gene_info >CD.info

cut -f 2-5 CD.info >CD.table

再根据CD分子的排序把我们的信息重新排序

perl -alne '{/CD(\d+\w)/;$hash{$1}=$_}END{print $hash{$_} foreach sort {$a <=> $b}keys %hash}' CD.table >CD.table.sort

然后我发现了一个很有趣的问题，它们都是负义链上面的基因！

entrez ID	gene symbol	正负链
911	CD1C	-	BDCA1\|CD1\|CD1A\|R7
913	CD1E	-	CD1A\|R2
909	CD1A	-	CD1\|FCB6\|HTA1\|R4\|T6
912	CD1D	-	CD1A\|R3
910	CD1B	-	CD1\|CD1A\|R1
9266	CYTH2	-	ARNO\|CTS18\|CTS18.1\|PSCD2\|PSCD2L\|SEC7L\|Sec7p-L\|Sec7p-like
30011	SH3KBP1	-	CD2BP3\|CIN85\|GIG10\|HSB-1\|HSB1\|MIG18
23607	CD2AP	-	CMS
89886	SLAMF9	-	CD2F-10\|CD2F10\|CD84-H1\|CD84H1\|SF2001
10849	CD3EAP	-	ASE-1\|ASE1\|CAST\|PAF49
445347	TARP	-	CD3G\|TCRG\|TCRGC1\|TCRGC2
915	CD3D	-	CD3-DELTA\|IMD19\|T3D
920	CD4	-	CD4mut
922	CD5L	-	AIM\|API6\|PRO229\|SP-ALPHA\|Spalpha
925	CD8A	-	CD8\|Leu2\|MAL\|p32
927	CD8BP	-	CD8B2
54675	CRLS1	-	C20orf155\|CLS\|CLS1\|GCD10\|dJ967N21.6
3681	ITGAD	-	ADB2\|CD11D
3683	ITGAL	-	CD11A\|LFA-1\|LFA1A
3684	ITGAM	-	CD11B\|CR3A\|MAC-1\|MAC1A\|MO1A\|SLEB6
3687	ITGAX	-	CD11C\|SLEB6
290	ANPEP	-	APN\|CD13\|GP150\|LAP1\|P150\|PEPN
115708	TRMT61A	-	C14orf172\|GCD14\|Gcd14p\|TRM61\|hTRM61
2526	FUT4	-	CD15\|ELFT\|FCT3A\|FUC-TIV\|FUTIV\|LeX\|SSEA-1
2215	FCGR3B	-	CD16\|CD16b\|FCG3\|FCGR3\|FCR-10\|FCRIII\|FCRIIIb
4055	LTBR	-	CD18\|D12S370\|LT-BETA-R\|TNF-R-III\|TNFCR\|TNFR-RP\|TNFR2-RP\|TNFR3\|TNFRSF3
930	CD19	-	B4\|CVID3

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