TCGA表达数据的多项应用之2–对指定基因在不同癌种里面画boxplot,或者在所有的normal组织里面看表达量！

ulwvfje — Wed, 28 Dec 2016 01:55:07 +0000

好像文章题目没有长度限制，太好了！本讲所实现的目标非常简单，如题，指定基因在不同癌种里面画boxplot,或者在所有的normal组织里面看表达量！下面是一个具体的例子：

代码如下：

稍微懂一点R的小伙伴都看得出来，只需要手动修改指定的基因，然后指定的癌症种类，就可以来容易画上面的图了，但要完成这一步，必须把前面的那一步导入mysql数据库搞懂。

TCGA表达数据的多项应用之1–下载数据并且导入mysql

rm(list=ls())

searchGene = 'VCX3B';

searchTable1='tumor_gbm_rpkm';

searchTable2='tumor_lgg_rpkm';

library(RMySQL)

con <- dbConnect(MySQL(), host="127.0.0.1", port=3306, user="root", password="11111111")

dbSendQuery(con, "USE gse62944")

dbListTables(con)

query = paste0(' select * from ', searchTable1 ,' where genesymbol = ',shQuote(searchGene)) ;

gbm=dbGetQuery(con,query)

query = paste0(' select * from ', searchTable2 ,' where genesymbol = ',shQuote(searchGene)) ;

lgg=dbGetQuery(con,query)

gbm=as.numeric(gbm[,-1]);gbm=data.frame(value=gbm,type='gbm')

lgg=as.numeric(lgg[,-1]);lgg=data.frame(value=lgg,type='lgg')

dat1= rbind(gbm,lgg)

boxplot( value ~ type, data = dat1, lwd = 2, ylab = 'value')

stripchart(value ~ type, vertical = TRUE, data = dat1,

method = "jitter", add = TRUE, pch = 20, col = 'blue')

还有很多其它的应用，重点就是如何从sql里面提取数据并可视化而已

比如上面那个在正常表达量矩阵里面查询，多种癌旁组织合并起来画图！

sqlTable = 'normalrpkm';

sqlQuery=paste0(' select * from ', sqlTable ,' where genesymbol = ',shQuote(searchGene))

normalExpression=dbGetQuery(con,sqlQuery)

normalExpression= normalExpression[,-length(normalExpression)]

normalExpression = data.frame(sampleID=names(normalExpression),

values=as.numeric(normalExpression)

)

normalCancerType2amples=dbGetQuery(con,'select * from normalcancertype2amples')

normalCancerType2amples$sampleID=gsub("-",".", normalCancerType2amples$sampleID)

dat2 = merge(normalExpression,normalCancerType2amples,by='sampleID')

boxplot( values ~ CancerType, data = dat2, lwd = 2, ylab = 'values',las=2,main=searchGene)

stripchart(values ~ CancerType, vertical = TRUE, data = dat2,

method = "jitter", add = TRUE, pch = 20, col = 'blue')

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